结论：劳动合同中约定给公司造成5000元损失就自动离职的条款，一般是不合理的，且可能因违反法律法规而无效。以下从多个角度进行分析：
一、从劳动合同法的角度
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的解除应当遵循法定程序和条件。用人单位与劳动者约定“造成一定损失就自动离职”的条款，实际上是对劳动合同解除条件的自行设定，这种设定往往可能超越了法律规定的范畴，从而被视为无效条款。
具体来说，劳动合同的解除通常包括双方协商一致解除、劳动者提前通知解除、用人单位因劳动者过错解除（如严重违反用人单位规章制度、严重失职等）以及经济性裁员等情形。而“造成5000元损失就自动离职”并不属于上述任何一种法定解除情形，因此，该条款可能因违反法律法规而无效。
二、从公平原则的角度
劳动合同的订立和履行应当遵循公平原则。约定“造成5000元损失就自动离职”的条款，对劳动者而言可能过于苛刻。因为在实际工作中，劳动者可能因各种原因（如疏忽、意外等）造成一定损失，但这些损失并不一定构成严重过错或故意行为。如果因此就要求劳动者自动离职，显然对劳动者不公平。
三、从实际操作的可行性角度
即使劳动合同中约定了这样的条款，但在实际操作中也可能面临诸多困难。例如，如何界定“损失”的具体范围和金额？如何证明损失是由劳动者直接造成的？如果劳动者对损失有异议或拒绝自动离职，用人单位应如何处理？这些问题都可能导致该条款在实际操作中难以执行。
四、法律建议
对于用人单位：在订立劳动合同时，应当遵循法律法规的规定，合理设定劳动合同的解除条件和程序。如果确实需要因劳动者过错而解除劳动合同，应当明确具体的过错情形和解除程序，并确保这些情形和程序符合法律法规的规定。
对于劳动者：在签订劳动合同时，应当仔细阅读合同条款，特别是关于劳动合同解除的条款。如果发现合同中有不合理或违法的条款，应当及时提出异议并要求修改。如果因此遭受损失或面临不公平待遇，可以依法向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，维护自己的合法权益。
总结：劳动合同中约定给公司造成5000元损失就自动离职的条款，一般是不合理的且可能无效。用人单位和劳动者在订立和履行劳动合同时，应当遵循法律法规的规定和公平原则，确保劳动合同的合法性和有效性。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。