结论：劳动合同中约定“造成公司损失1000元以上，公司有权解除劳动合同”这一条款的合法性，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
条款本身的合法性：
- 合法情形：如果该条款是双方在平等自愿、协商一致的基础上订立的，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该条款在形式上是合法的。它属于用人单位与劳动者约定的解除劳动合同的条件之一。
- 违法情形：然而，如果该条款的订立存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形，或者该条款的内容违反了法律、行政法规的强制性规定（例如，与《劳动合同法》中关于用人单位解除劳动合同的法定情形相冲突），那么该条款可能是无效的。
条款的适用条件：
- 损失认定：即使条款本身合法，用人单位在适用该条款时，也需要对“造成公司损失1000元以上”这一事实进行充分的举证。如果用人单位无法证明劳动者确实造成了公司1000元以上的损失，那么其依据该条款解除劳动合同的行为可能是违法的。
- 程序要求：此外，用人单位在解除劳动合同时，还需要遵循法定的程序要求，如提前通知劳动者、听取劳动者的申辩等。如果用人单位未遵循这些程序要求，即使劳动者确实造成了公司损失，其解除劳动合同的行为也可能被认定为违法。
法律后果：
- 合法解除：如果用人单位能够证明劳动者确实造成了公司1000元以上的损失，且该条款的订立和适用均符合法律规定，那么用人单位依据该条款解除劳动合同的行为是合法的，无需支付经济补偿金。
- 违法解除：如果用人单位无法证明劳动者造成了公司损失，或者该条款的订立和适用存在违法情形，那么用人单位依据该条款解除劳动合同的行为是违法的。此时，劳动者有权要求用人单位支付经济补偿金，甚至可能要求用人单位支付赔偿金。
建议：
- 对于劳动者而言，如果认为用人单位依据该条款解除劳动合同的行为违法，可以收集相关证据（如工作记录、同事证言等）来证明自己并未造成公司损失，或者该条款的订立和适用存在违法情形，然后向劳动仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼。
- 对于用人单位而言，在订立和适用该条款时，应确保条款的合法性和合理性，并遵循法定的程序要求。同时，用人单位还应建立完善的损失认定机制，确保能够准确、公正地认定劳动者的损失情况。
进一步思考：在实际操作中，如何界定“造成公司损失”以及损失的具体金额，往往是一个复杂且敏感的问题。因此，建议用人单位在订立相关条款时，应尽可能明确损失的定义和计算方法，以减少争议和纠纷的发生。同时，劳动者在签订劳动合同时，也应仔细阅读相关条款，了解自己的权利和义务，避免在发生纠纷时处于不利地位。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。