在打官司确定劳动关系的过程中，如果被告不配合且也提起了诉讼，您不必过于担心，法院会依法进行审理并作出公正裁决。以下是从多个角度为您分析的情况及建议：
法院会依法合并审理：
- 当您和被告都提起了诉讼，且诉讼标的相同（即都是围绕劳动关系的确认），法院通常会根据《民事诉讼法》的相关规定，将两个案件合并审理。这样做有助于节约司法资源，提高审判效率，也能确保双方当事人的诉讼权利得到充分保障。
被告不配合不影响案件审理：
- 被告不配合诉讼，比如不出庭、不提交证据等，并不会影响法院对案件的审理。法院会根据您提供的证据以及法律规定，对案件进行独立、客观、公正的判断。如果被告无正当理由拒不到庭，法院甚至可以缺席判决。
您需要充分准备证据：
- 在这类案件中，证据是关键。您需要收集并整理好能够证明您与被告之间存在劳动关系的证据，如劳动合同、工资单、工作证、考勤记录、同事证言等。这些证据将有助于法院确认劳动关系的存在。
关注诉讼程序，及时行使权利：
- 在诉讼过程中，您需要关注法院的开庭通知、举证通知等，确保按时出庭、按时举证。同时，您也有权对被告的证据进行质证，提出自己的反驳意见。如果被告提出了新的证据或主张，您也有机会进行回应和辩论。
考虑调解或和解的可能性：
- 在诉讼过程中，如果双方都有意愿，也可以考虑通过调解或和解的方式解决纠纷。调解或和解可以节省时间和精力，也有助于维护双方的关系。如果达成调解或和解协议，法院会出具调解书或和解书，具有法律效力。
对判决结果不服的救济途径：
- 如果法院作出的判决结果您不满意，您可以在法定期限内提起上诉。上诉是当事人对一审判决不服时的一种救济途径，通过上诉，您可以请求上级法院对案件进行重新审理和判决。
针对您的情况，我建议您：
- 保持冷静，不要因为被告的不配合而影响自己的情绪和诉讼策略。
- 积极准备证据，确保自己的主张有充分的证据支持。
- 关注诉讼程序，及时行使自己的诉讼权利。
- 如果可能的话，考虑与对方进行调解或和解，以节省时间和精力。
- 如果对判决结果不服，及时提起上诉，维护自己的合法权益。
最后，我想强调的是，法律是公正的，法院会依法对案件进行审理并作出公正裁决。您只需要按照法律程序和规定，积极准备和参与诉讼，相信您的合法权益会得到保障。如果您在诉讼过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。