结论：建设工程竣工验收报告中但书指出的质量问题，若经查实确因施工方原因导致，法院通常会支持认定工程不合格，并要求施工方承担相应的修复或赔偿责任。

分析说明：

1. 竣工验收报告的法律效力：

   • 竣工验收报告是建设工程完成后，由建设单位组织设计、施工、监理等单位进行验收，并出具的确认工程符合设计要求及合同约定的文件。它具有法律效力，是工程交付使用的前提条件。
   • 若竣工验收报告中包含但书，指出工程存在某些质量问题，这通常意味着验收并非完全无条件通过，而是对特定问题保留了意见或要求后续处理。

2. 但书指出的质量问题的处理：

   • 当竣工验收报告中但书指出的质量问题被证实是因施工方原因（如偷工减料、未按设计图纸施工等）导致时，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，发包人有权要求施工方在合理期限内无偿修理或返工、改建。
   • 若施工方拒绝或未能及时修复，发包人可以诉诸法院，要求法院确认工程不合格，并判决施工方承担修复费用或赔偿损失。

3. 法院的裁判倾向：

   • 法院在审理此类案件时，会综合考虑竣工验收报告的内容、但书指出的质量问题的性质及原因、施工方的责任等因素。
   • 若证据充分，能够证明质量问题确因施工方原因导致，且该问题影响了工程的整体质量或使用功能，法院通常会支持发包人的主张，认定工程不合格，并要求施工方承担相应的法律责任。

4. 实际案例参考：

   • 以您提供的案例为例，建筑集团公司因未按设计图纸施工导致工程屋面漏水，尽管工程已竣工验收并交付使用，但法院仍认定建筑集团公司违约，应承担全面修复费用。这充分说明了法院对竣工验收报告中但书指出的质量问题的重视和处理态度。

法律建议：

• 对于发包方而言，在签署竣工验收报告时，应仔细审查报告内容，确保但书部分准确反映了工程存在的质量问题。若发现施工方存在违约行为导致质量问题，应及时收集证据并诉诸法律途径维护自身权益。
• 对于施工方而言，应严格遵守设计图纸和施工规范进行施工，确保工程质量符合合同约定。若因自身原因导致质量问题被但书指出，应积极配合发包方进行修复或协商解决方案，以避免法律纠纷和不必要的损失。

后续行动建议：

• 若您面临类似情况，建议首先与对方协商解决质量问题；若协商无果，可咨询专业律师（即我本人，王胜利律师，专注于刑事辩护、合同纠纷领域）进行法律分析和诉讼准备。
• 在处理此类纠纷时，务必保留好相关证据（如竣工验收报告、设计图纸、施工记录、照片、视频等），以便在法律程序中证明自己的主张。