《民事诉讼法解释》第九十条在劳动争议案件中的核心应用规则为：举证责任分配需结合劳动争议特性，遵循“谁主张、谁举证”基本原则，同时对部分特殊事项实行举证责任倒置或适用过错推定规则。具体分析如下：

一、基础规则：一般举证责任分配

1. 原告（劳动者/用人单位）承担基础举证责任
   根据《民事诉讼法解释》第九十条，主张法律关系存在、变更或消灭的当事人，需对产生该法律关系的基本事实提供证据。例如：

   • 劳动者主张未签劳动合同双倍工资差额，需证明劳动关系存在（如工资流水、工牌、考勤记录等）；
     
   • 用人单位主张劳动者严重违纪解除合同，需证明违纪事实存在（如监控录像、书面警告记录等）。
     

2. 举证不能的后果
   若当事人无法提供证据或证据不足以证明其主张，将承担不利后果。例如：劳动者主张加班费但未提供加班证据，法院可能驳回诉求。

二、特殊规则：劳动争议中的举证责任倒置

1. 《劳动争议调解仲裁法》第六条的适用
   劳动争议中，部分事项实行举证责任倒置，即由用人单位承担举证责任：

   • 与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的（如工资支付记录、考勤表、招聘记录等），用人单位需提供；
     
   • 用人单位作出开除、除名、辞退、解除劳动合同等决定，需证明其合法性（如证明劳动者存在严重违纪、不能胜任工作等）。
     

2. 典型场景示例

   • 用人单位主张劳动者“不符合录用条件”解除合同，需提供录用条件标准、考核记录等证据；
     
   • 用人单位主张劳动者“严重失职造成重大损失”，需提供损失金额、因果关系等证据。

三、实务建议：劳动者与用人单位的举证策略

1. 劳动者的举证要点

   • 保留基础证据：劳动合同、工资条、社保记录、工作证等证明劳动关系存在；
     
   • 收集关键证据：如加班审批单、聊天记录、录音录像等证明加班、违法解除等事实；
     
   • 申请法院调取证据：若证据由用人单位掌握（如考勤记录），可申请法院责令用人单位提供。
     

2. 用人单位的举证要点

   • 完善规章制度：确保规章制度经民主程序制定并公示，作为管理依据；
     
   • 固定证据链：对劳动者违纪行为及时取证（如书面警告、签字确认等）；
     
   • 规范用工管理：保留工资支付记录、考勤表等，避免因举证不能承担责任。
     

总结：在劳动争议案件中，举证责任分配需结合《民事诉讼法解释》第九十条的一般规则与劳动争议的特殊规则。劳动者应注重基础证据收集，用人单位需完善管理流程并固定证据，双方均需根据争议焦点提前准备证据，以降低败诉风险。若您有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合案情为您详细分析。