如果商家在食品安全问题上拒不赔偿您要求的1000元，您可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 与商家再次协商：

   • 首先，您可以尝试与商家进行再次沟通，明确表达您的诉求和依据，即根据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，您有权要求商家进行赔偿。有时候，商家可能由于误解或疏忽而拒绝赔偿，通过友好协商可能能够解决问题。

2. 向消费者协会或相关监管部门投诉：

   • 如果协商无果，您可以向当地的消费者协会或食品药品监督管理部门进行投诉。这些机构有责任保护消费者的合法权益，并会对商家的违法行为进行调查和处理。在投诉时，请提供详细的证据，如购买凭证、问题食品的照片或视频、与商家的沟通记录等。

3. 寻求法律途径解决：

   • 起诉商家：如果投诉后问题仍未得到解决，您可以考虑向法院提起诉讼，要求商家承担赔偿责任。在起诉前，请确保您已收集了充分的证据来支持您的诉求。根据《中华人民共和国食品安全法》第一百四十八条：“消费者因不符合食品安全标准的食品受到损害的，可以向经营者要求赔偿损失，也可以向生产者要求赔偿损失。接到消费者赔偿要求的生产经营者，应当实行首负责任制，先行赔付，不得推诿；属于生产者责任的，经营者赔偿后有权向生产者追偿；属于经营者责任的，生产者赔偿后有权向经营者追偿。生产不符合食品安全标准的食品或者经营明知是不符合食品安全标准的食品，消费者除要求赔偿损失外，还可以向生产者或者经营者要求支付价款十倍或者损失三倍的赔偿金；增加赔偿的金额不足一千元的，为一千元。但是，食品的标签、说明书存在不影响食品安全且不会对消费者造成误导的瑕疵的除外。” 因此，您有权要求商家支付至少1000元的赔偿金。
   • 申请法律援助：如果您在法律程序中遇到困难或需要专业的法律帮助，您可以考虑申请法律援助。法律援助机构会为您提供免费的法律咨询和代理服务，帮助您维护自己的合法权益。

4. 注意保留证据：

   • 在整个过程中，请务必保留好所有与问题食品相关的证据，如购买凭证、问题食品的照片或视频、与商家的沟通记录、投诉记录等。这些证据将在后续的协商、投诉或法律程序中起到关键作用。

行动建议：

• 我建议您首先尝试与商家进行友好协商，明确表达您的诉求和依据。
• 如果协商无果，您可以向消费者协会或相关监管部门进行投诉，并提供详细的证据。
• 如果问题仍未得到解决，您可以考虑向法院提起诉讼，要求商家承担赔偿责任。在此过程中，如果您需要专业的法律帮助，可以随时向我咨询。

请记住，维护自己的合法权益是您的权利，不要因为商家的拒绝或推诿而放弃。通过合理的途径和方式，您一定能够维护自己的合法权益。