结论：端午节公司放两天假是否合法，需结合具体情况判断，主要看是否符合国家法定节假日规定以及是否保障了员工的合法权益。
分析说明：
国家法定节假日规定：
- 根据《全国年节及纪念日放假办法》的规定，端午节是法定节假日，通常放假1天（农历端午当日）。若端午节与周末相连，则可能会形成连续的假期，但具体的放假安排需由国务院办公厅发布通知确定。
- 如果公司仅放端午节当天假，这是符合法律规定的。但如果公司放两天假，且其中一天并非周末或调休日，那么这多出的一天假可能属于公司自行安排的福利假或年假等，并不违反法律规定。
员工合法权益保障：
- 无论公司放几天假，都必须确保员工的合法权益不受侵害。这包括但不限于工资支付、加班费计算等。
- 如果公司在端午节期间安排员工加班，那么必须按照法律规定支付加班费。具体来说，端午节当天加班的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬；其他休息日加班且不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
公司规章制度与劳动合同：
- 公司放假安排还需符合其内部的规章制度以及与员工签订的劳动合同中的约定。如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了端午节的放假天数，且该规定不违反国家法律法规，那么公司应按照该规定执行。
特殊场景：
- 如果公司因生产经营需要，确实需要在端午节期间安排员工工作，且无法安排补休的，那么必须依法支付加班费。同时，公司应尽可能与员工协商，争取员工的理解和支持。
行动建议：
- 作为员工，如果对公司放假安排有疑问或不满，可以先查阅公司规章制度和劳动合同中的相关约定，了解自己的权益和义务。
- 如果认为公司放假安排违反了国家法律法规或侵犯了自己的合法权益，可以与公司进行协商沟通，寻求解决方案。
- 如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
法律后果：
- 如果公司违反国家法定节假日规定或侵犯员工合法权益，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括但不限于警告、罚款等。
- 同时，公司还可能因违法行为而承担民事赔偿责任，如支付加班费、经济补偿等。
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