结论：端午节公司只放两天假是否违法，需结合具体情况判断。若端午节当天（1天法定假日）未安排休假且未支付加班费，则违法；若已安排端午节当天休假或支付加班费，则不违法。以下是具体分析：

一、法定节假日的休假规定

根据《全国年节及纪念日放假办法》的规定，端午节是国家法定节假日，劳动者应享受1天的带薪休假。这是法律赋予劳动者的合法权益，用人单位应当依法安排劳动者休假。

二、不同情况下的合法性分析

1. 标准情况：

   • 若用人单位在端午节当天（即法定假日1天）未安排休假，而是安排了工作，那么这1天应视为加班时间。
   • 对于这部分加班时间，用人单位必须按照法律规定，向劳动者支付不低于其正常工作时间工资额度的300%作为加班薪酬。
   • 若用人单位未支付或支付不足加班费，则构成违法，劳动者有权向当地劳动监察部门投诉，要求用人单位改正并保障其合法休假及加班薪酬权益。

2. 特殊情况：

   • 在某些特殊情况下，如用人单位与劳动者在劳动合同中约定了不同的休假天数（但需注意，这种约定不能违反法律法规的强制性规定），或者因生产经营等特殊情况经与工会和劳动者协商后对休假作出了调整，且这些调整符合相关法律法规的规定，那么用人单位在端午节当天只放部分假（如2天中包含端午节当天）可能并不构成违法。
   • 但关键在于，即使在这种情况下，用人单位仍需确保劳动者在端午节当天（若未安排休假）或加班时获得相应的、符合法律规定标准的加班薪酬。

三、劳动者权益保护措施

若劳动者发现用人单位在端午节等法定节假日的休假安排或加班薪酬支付上存在违法行为，可以采取以下措施维护自身权益：

1. 与公司协商：首先尝试与公司进行友好沟通，明确指出公司的做法不符合法律规定，要求公司给予相应的假期或支付加班工资。

2. 向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对公司的违法行为进行查处，确保劳动者的合法权益得到保护。

3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：劳动者还可以收集好相关证据（如劳动合同、考勤记录、工资条等），向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付加班工资、补休等。对仲裁结果不满意的，劳动者可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

四、建议与提醒

• 用人单位：在节假日安排上应严格遵守法律法规，确保劳动者的合法权益得到充分保障。若因特殊情况需要安排加班，应履行与劳动者的协商程序并依法支付加班费。
• 劳动者：应了解自己的权益，并在权益受到侵害时及时寻求法律援助。同时，保留好相关证据以便在需要时维护自己的合法权益。

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