结论：公司端午节放假两天是否合法，需结合具体情况判断，主要看是否符合国家法定节假日规定以及是否侵犯了员工的合法权益。
分析：
国家法定节假日规定：
- 根据《全国年节及纪念日放假办法》的规定，端午节是法定节假日，通常放假1天（农历端午当日）。若端午节恰逢周末，则根据国务院的安排进行调休，可能会形成连续的假期。但无论如何安排，法定节假日的放假天数是由国家统一规定的，企业不能随意减少。
- 如果公司端午节放假两天，且这两天中包含了国家规定的端午节法定节假日，那么这种放假安排是合法的，前提是公司没有因此减少员工的其他休息日或工资。
公司自主安排与员工权益：
- 除了国家规定的法定节假日外，公司还可以根据自身情况安排其他休息日或调休。但这些安排不能侵犯员工的合法权益，如不能违反劳动合同中关于工作时间和休息休假的约定，不能违反最低工资标准等。
- 如果公司端午节放假两天，但这两天并不完全包含国家规定的端午节法定节假日，且公司没有通过其他方式（如调休、补假等）保障员工享受完整的法定节假日权益，那么这种放假安排可能存在问题。
特殊情况下的放假安排：
- 在某些特殊情况下，如公司因生产需要、突发事件等需要调整放假安排，应与员工协商一致，并尽可能保障员工的合法权益。
- 如果公司未经员工同意，单方面改变放假安排，且这种改变侵犯了员工的合法权益，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
建议：
- 对于员工：如果对公司端午节放假安排有疑问或不满，可以先与公司人力资源部门或相关负责人沟通，了解放假安排的具体依据和原因。如果沟通无果，且认为公司的放假安排侵犯了自己的合法权益，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于公司：在制定放假安排时，应充分考虑国家法律法规的规定和员工的合法权益，确保放假安排既符合公司生产需要，又保障员工的休息休假权益。如果因特殊情况需要调整放假安排，应与员工充分沟通并协商一致。
总结：公司端午节放假两天是否合法，需根据具体情况判断。如果放假安排符合国家法定节假日规定且未侵犯员工合法权益，则是合法的；反之，则可能存在问题。如有任何疑问或不满，建议及时与公司沟通或寻求法律帮助。