结论：存疑不起诉后若案件未终结或出现新证据重新起诉，您有权依法向公安机关申请返还手机，但需满足法定条件并履行相应程序。 以下从法律程序、权利依据、操作建议三个角度展开分析：

一、存疑不起诉的法律性质与手机扣押的关联性

根据《刑事诉讼法》第177条，存疑不起诉（证据不足不起诉）意味着检察机关认为现有证据不足以证明犯罪事实，但并未彻底否定案件可能性。此时，公安机关扣押的手机若属于涉案财物，其处理需分情况讨论：

1. 若案件彻底终结：
   若检察机关作出存疑不起诉决定后，未在法定期限内（1年内）补充侦查或发现新证据，案件视为终结。根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第233条，公安机关应在3日内解除扣押，将手机返还权利人（您或手机所有权人）。

2. 若案件可能重启：
   若检察机关在存疑不起诉后，因发现新证据或补充侦查后重新起诉，手机作为关键证据可能继续被扣押。此时需等待案件进入新程序后，再根据诉讼阶段判断是否可申请返还。

二、申请返还手机的法律依据与程序

1. 权利依据：

   • 《刑事诉讼法》第145条：对查封、扣押的财物，经查明确实与案件无关的，应在3日内解除扣押并返还。
     
   • 《公安机关办理刑事案件程序规定》第230条：对作为证据使用的财物，应随案移送；对不宜移送的，应将其清单、照片或其他证明文件随案移送。未随案移送的，应在判决后返还。

2. 操作程序：

   • 提交申请：向原扣押机关（公安机关）提交书面申请，说明手机与案件无关或案件已终结，并附存疑不起诉决定书等证明材料。
     
   • 审查决定：公安机关应在3日内审查，若同意返还，出具《解除扣押通知书》；若拒绝，需书面说明理由。
     
   • 复议或诉讼：若公安机关拒绝返还，您可向其上级机关申请复议，或直接向法院提起行政诉讼，要求确认扣押行为违法并返还手机。

三、实务中的关键注意事项

1. 手机性质认定：
   若手机被认定为“涉案财物”（如存储犯罪证据、用于犯罪通信等），即使存疑不起诉，公安机关也可能以“需保留证据”为由暂不返还。此时需通过法律程序主张手机与案件无关。

2. 新证据风险：
   若案件因新证据重新启动，手机可能被再次扣押。您需密切关注案件进展，若认为扣押超出必要限度，可及时提出异议。

3. 证据固定建议：
   在申请返还前，建议对手机内容进行备份（如通过公证或司法鉴定），避免因返还导致关键证据灭失。

总结建议：若案件已彻底终结，您可直接向公安机关申请返还手机，并保留好存疑不起诉决定书等材料；若案件可能重启，建议暂缓申请，或通过律师协助与公安机关沟通，明确手机在后续程序中的处理方式。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。