针对您提出的“存疑不起诉后被扣押的手机怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，在刑事诉讼中，被扣押的物品通常作为证据使用。当案件作出不起诉决定时，这些作为证据使用的物品的处理方式会依据具体情况有所不同。
针对您的情况，即存疑不起诉，根据《人民检察院刑事诉讼涉案财物管理规定》以及相关法律实践，处理方式如下：
区分不起诉性质：
- 在存疑不起诉的情况下，由于案件证据不足或存在疑问，无法确定犯罪嫌疑人是否构成犯罪，因此，相关物品（如您的手机）应当退回公安机关。
- 公安机关会将这些物品作为侦查机关继续侦查的物证保存，以备未来可能的进一步调查或补充证据。
考虑涉案物品性质：
- 如果您的手机并非违禁品或管制刀具，且未被认定为需要没收的涉案财物，那么在案件作出不起诉决定后，理论上它应当被返还给您。
- 但在存疑不起诉的特定情境下，由于案件尚未完全了结，手机作为关键物证，更可能被退回公安机关继续保存。
遵循法定程序：
- 整个处理过程会严格遵循法定程序，确保您的合法权益得到保障。
- 如果您对手机的处理有异议，或者认为手机应当被返还给您，您可以向公安机关或检察机关提出申诉或咨询，了解具体的处理进展和原因。
综合建议：
- 在存疑不起诉的情况下，您的手机很可能会被退回公安机关作为物证继续保存。
- 您可以主动与公安机关或检察机关联系，了解手机的具体处理情况和可能的返还时间。
- 如果您认为手机的处理存在不当或违法行为，您可以依法维护自己的合法权益，包括提出申诉或寻求法律援助。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。