结论：合同上实行不定时工作制的情况下，星期天请假是否扣全勤，主要取决于劳动合同或公司规章制度中的具体规定，以及当地劳动法律法规的要求。以下从不同角度进行分析：
劳动合同或公司规章制度的规定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了不定时工作制下星期天请假不扣全勤，那么公司应当遵守这一规定，不得随意扣除全勤。
- 如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定，或者规定模糊不清，那么公司可能根据自身的实际情况和内部管理需要来决定是否扣除全勤。但这种情况下，公司的决定应当合理，且不得违反劳动法律法规的强制性规定。
当地劳动法律法规的要求：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，不定时工作制是针对因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的职工所采用的一种工时制度。在不定时工作制下，职工的工作时间不受固定工时的限制，因此，对于星期天是否算作工作日，以及请假是否扣全勤，可能并没有明确的法律规定。
- 然而，这并不意味着公司可以随意制定规章制度。公司的规章制度必须合法、合理，且不得侵犯职工的合法权益。如果公司的规章制度违反了劳动法律法规的强制性规定，或者侵犯了职工的合法权益，那么该规章制度是无效的，职工有权拒绝执行。
实际操作中的建议：
- 对于职工而言，如果合同上实行不定时工作制，且对星期天请假是否扣全勤有疑问，建议首先查阅劳动合同和公司规章制度中的相关规定。
- 如果劳动合同和公司规章制度中没有明确规定，或者规定存在争议，建议与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解公司的具体做法和依据。
- 如果认为公司的做法违反了劳动法律法规或侵犯了自己的合法权益，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
额外提醒：由于不定时工作制的特殊性，职工在享受灵活工作时间的同时，也应当注意保护自己的合法权益。建议职工在与公司签订劳动合同时，明确约定不定时工作制的具体内容和相关权益，以避免后续产生争议。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。