针对您提出的“交通事故认定书程序不合法怎么起诉”的问题，我为您详细解答如下：
首先，需要明确的是，对交通事故认定书本身不能直接提起诉讼，因为交通事故认定书是公安机关交通管理部门根据现场勘查、证据收集等程序作出的专业性判断，它本身并不直接设定、变更或消灭当事人的权利义务。但是，如果您认为交通事故认定书的程序不合法，影响了其公正性和准确性，您可以通过以下途径来维护自身权益：
一、申请复核
申请时间：您需要在自道路交通事故认定书送达之日起3日内，向上一级公安机关交通管理部门提出书面复核申请。逾期将不予受理。
申请主体：一般为事故当事人本人。如果当事人死亡或丧失行为能力，可以由其法定代理人或近亲属提出申请。如果是单位作为当事人，则由法定代表人或主要负责人提出。
申请内容：在复核申请中，您需要明确复核请求、理由及主要证据。同一事故的复核以一次为限，所以请确保您的申请内容充分、有力。
受理与审查：上一级公安机关交通管理部门将在受理复核申请之日起30日内进行审查，并作出复核结论。如果复核结论认为原认定书程序不合法或事实不清、证据不足，可能会撤销原认定书并责令重新作出。
二、在相关民事诉讼中提出异议
如果您对复核结论仍然不服，或者错过了复核申请的时间，您可以在相关的民事诉讼中提出对交通事故认定书的异议。
提起诉讼时间：一般民事诉讼时效为三年，自您收到交通事故认定书之日起计算。
准备材料：在提起诉讼时，您需要准备起诉状、证据材料（包括交通事故认定书、事故现场照片、视频、证人证言、医疗诊断证明、财产损失清单等）以及身份证明等材料。
法院审理流程：在法院审理过程中，您可以对交通事故认定书提出异议，并阐述您的理由和证据。法院将对双方提交的证据进行综合判断，包括交通事故认定书的合法性、公正性和准确性。如果法院认为认定书存在错误或程序不合法，可能会调整事故责任划分。
三、提起行政诉讼（作为最后手段）
如果您对复核结论仍然不服，并且认为公安机关交通管理部门的认定行为侵犯了您的合法权益，您可以考虑提起行政诉讼。但请注意，行政诉讼是针对行政机关的具体行政行为提起的诉讼，因此您需要确保您的诉讼请求符合行政诉讼的受理条件。
提起诉讼时间：您需要在接到复核结论之日起五日内向有管辖权的人民法院提起行政诉讼。
诉讼流程：在行政诉讼中，您需要确定被告（通常是上一级公安机关交通管理部门）、收集证据、起草并提交起诉状等。法院将对案件进行审查，并依法作出判决。如果法院认为认定书存在错误或程序不合法，可能会撤销并责令重新作出认定。
四、注意事项
遵循法律程序：在整个维权过程中，请务必遵循法律程序，积极配合法院和公安机关交通管理部门的工作。
明确诉讼请求：在起诉时，请明确您的诉讼请求，如撤销、变更认定书或要求重新认定交通事故责任等。
注意诉讼时效：请确保在规定期限内提起诉讼或申请复核，避免超过时效导致起诉被驳回。
最后，我建议您在维权过程中寻求专业律师的帮助。律师可以为您提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助您更好地维护自身权益。希望以上解答能对您有所帮助。