店长挪用超市六万元，这属于违法行为，超市有权采取法律手段追究其责任。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律定性
挪用资金罪：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，店长作为超市的管理人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，构成挪用资金罪。在此案例中，店长挪用六万元，若符合上述情形之一，即可能构成犯罪。
职务侵占罪与挪用资金罪的区分：需要注意的是，如果店长有非法占有的目的，即意图将挪用的资金永久性地据为己有，而非暂时使用，那么其行为可能构成职务侵占罪，而非挪用资金罪。职务侵占罪的刑罚通常更重。
二、法律后果
刑事责任：如果店长构成挪用资金罪或职务侵占罪，将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役或罚金等。具体刑罚将根据挪用资金的数额、情节以及是否退赃等因素综合确定。
民事责任：无论店长是否构成犯罪，超市都有权要求其返还挪用的资金，并可能要求赔偿因此造成的损失。如果店长无力偿还，超市可以通过法律途径申请强制执行。
三、应对措施
收集证据：超市应尽快收集店长挪用资金的证据，包括账目记录、转账凭证、证人证言等。这些证据将对于后续的法律程序至关重要。
报警处理：超市可以向当地公安机关报案，要求立案侦查。公安机关将根据调查结果决定是否对店长采取刑事强制措施。
提起民事诉讼：如果店长拒绝返还资金或赔偿损失，超市可以向人民法院提起民事诉讼，要求店长承担民事责任。在诉讼过程中，超市需要提供充分的证据证明店长的违法行为以及因此造成的损失。
四、预防措施
加强内部管理：超市应建立健全的财务管理制度，加强对资金流动的监控和管理，防止类似事件再次发生。
定期审计：定期对超市的账目进行审计，确保账目清晰、准确，及时发现并纠正可能存在的问题。
员工培训：加强对员工的法律意识和职业道德教育，提高员工的法律素养和职业操守，减少违法违规行为的发生。
总结来说，店长挪用超市六万元是违法行为，超市应尽快采取法律手段追究其责任，并加强内部管理以预防类似事件再次发生。如果你在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。