在发现店长挪用公款这一严重问题时，确实需要采取一系列明确且有序的步骤来妥善处理。以下是我为您整理的详细处理流程：

一、立即行动，全面收集证据

1. 内部审计：首先，进行详尽的内部审计工作，仔细检查账目明细、交易记录、资金进出记录、发票、收据等所有相关财务文件。同时，不要忽视监控录像等非书面证据，它们可能提供关键线索。

2. 证据保全：确保所有收集到的证据都得到妥善保存，防止被篡改或销毁。对于电子数据，建议进行备份；对于纸质文件，可以考虑封存。

3. 额外证据搜集：除了直接的财务数据，还应努力收集聊天记录、电子邮件、工作汇报等间接证据，以更全面地还原事件经过。同时，寻求同事的证人证言也是增强证据链可信度的重要手段。

二、内部沟通，明确处理态度

1. 与店长沟通：在掌握充分证据后，与涉事店长进行面对面沟通。在沟通过程中，保持冷静和客观，了解其挪用公款的动机和具体情况，并明确告知公司对此类行为的零容忍态度及可能面临的法律后果。

2. 向上级汇报：按照公司正规流程，向直属上级或内部审计、合规等部门如实报告情况，并提供所收集的证据。确保上级部门能够及时了解并介入处理。

三、法律介入，追究法律责任

1. 报警处理：若店长挪用公款数额较大或情节严重，应立即向当地公安机关报案，并提供详细证据材料协助警方调查。这是维护公司权益和打击违法犯罪行为的重要步骤。

2. 法律咨询：在整个处理过程中，建议咨询专业律师，了解具体的法律程序、追诉途径及可能涉及的法律风险。律师的专业意见将有助于您更准确地把握处理方向和策略。

四、后续行动，维护公司权益

1. 民事诉讼：根据实际情况，考虑是否对店长提起民事诉讼，要求其赔偿公司因此遭受的损失。这是通过法律手段追回损失的有效途径。

2. 配合调查：无论是公司内部调查还是外部执法机构的调查，都应积极配合，提供所需信息，并确保所提供证据的真实性和完整性。这是维护公司形象和信誉的重要体现。

五、内部管理改进，预防类似事件

1. 加强财务管理：对公司的财务管理制度进行全面审查和改进，确保财务流程的规范性和透明度。通过加强内部控制和监督机制，防止类似事件再次发生。

2. 员工培训与教育：加强员工对财务纪律和法律意识的认识，定期开展反舞弊教育和培训。通过提高员工的诚信意识和法律意识，营造一个正直、诚信的工作环境。

3. 公开透明处理：在适当的时候，向公司内部或外部公开事件的处理结果。这有助于维护公司的公信力和员工的信任，同时也能对其他员工起到警示作用。

4. 建立长效机制：制定严格的内部控制制度和审计流程，定期进行财务审计和风险评估。通过持续监控和改进，确保公司财务安全得到长期保障。

综上所述，处理店长挪用公款问题需要谨慎而果断。通过立即行动与证据收集、内部沟通与处理、法律介入与追究责任、后续行动与维护权益以及内部管理改进与预防等多方面的措施，您可以有效地应对这一问题并保护公司的合法权益。