关于工资计算第一个月正算、第二个月反算是否合法的问题，结论是：这种计算方式本身并不直接违法，但具体是否合法需结合劳动合同约定、公司规章制度以及实际计算方式是否损害劳动者权益等因素综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 劳动合同与公司规章制度的角度

• 劳动合同约定优先：根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了工资的计算方式（包括第一个月正算、第二个月反算等具体方式），且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不存在欺诈、胁迫等情形，那么这种计算方式就是合法的。
• 公司规章制度需合法：如果劳动合同中没有明确约定，而是公司规章制度中规定了这种工资计算方式，那么需要审查该规章制度是否经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论通过）、是否已向劳动者公示或告知。只有满足这些条件，且规章制度内容合法，该计算方式才可能被认定为合法。

2. 实际计算方式是否损害劳动者权益的角度

• 不得低于最低工资标准：无论采用何种计算方式，劳动者的实际工资都不得低于当地最低工资标准。如果第一个月正算、第二个月反算的计算方式导致劳动者某个月的工资低于最低工资标准，那么这种计算方式就是违法的。
• 不得克扣或无故拖欠工资：用人单位应当按照劳动合同约定或国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果这种计算方式实际上构成了对劳动者工资的克扣或无故拖欠（如通过反算方式减少劳动者应得工资），那么也是违法的。

3. 具体计算方式的合理性角度

• 正算与反算的定义：这里的“正算”通常指的是按照劳动者实际出勤天数或工作小时数计算工资；“反算”则可能指的是根据劳动者应出勤天数或工作小时数，扣除缺勤部分后计算工资。具体定义可能因公司而异，但关键在于这种计算方式是否公平、合理，且能够真实反映劳动者的劳动成果。
• 合理性判断：如果这种计算方式能够确保劳动者在正常出勤的情况下获得应得的工资，且在缺勤时按照合理比例扣除工资，那么这种计算方式就是合理的。反之，如果计算方式存在歧义、不公平或难以理解，且可能导致劳动者权益受损，那么这种计算方式就可能存在问题。

4. 建议与注意事项

• 审查劳动合同与规章制度：劳动者在入职时，应仔细审查劳动合同和公司规章制度中关于工资计算方式的规定，确保自己了解并同意这些规定。
• 保留证据：劳动者应保留好与工资计算相关的证据（如考勤记录、工资条等），以便在发生纠纷时维护自己的权益。
• 及时沟通：如果劳动者对工资计算方式有疑问或不满，应及时与用人单位沟通，寻求解决方案。如果沟通无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

总结来说，工资计算第一个月正算、第二个月反算本身并不直接违法，但具体是否合法需结合劳动合同约定、公司规章制度以及实际计算方式是否损害劳动者权益等因素综合判断。如果你对具体的工资计算方式有疑问或不满，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。