结论：在劳动仲裁确认事实劳动关系后，单位不服起诉的情况下，双方仍然有机会进行调解。调解是解决劳动争议的重要途径，既体现了法律的公正与效率，又尊重了当事人的意思自治。
一、调解的法律依据与重要性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第九条，人民法院在审理民事案件时，应依据自愿和合法的原则进行调解；调解不成时，应及时判决。这一原则同样适用于劳动争议诉讼。
- 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条也明确指出，发生劳动争议后，当事人可以向调解组织申请调解，强调调解在解决劳动争议中的重要地位。
重要性：
- 调解有助于减少诉讼成本和时间，促进双方和解，维护和谐稳定的劳动关系。
- 在法院诉讼过程中，调解贯穿始终，为当事人提供了通过协商解决争议的机会，避免了漫长的诉讼过程和可能的不确定结果。
二、调解的自愿性与灵活性
自愿性：
- 调解并非诉讼的必经程序，当事人有权根据自己的意愿选择是否进行调解。
- 调解活动必须在当事人自愿的基础上进行，任何强迫或威胁都是不允许的。这意味着，如果任何一方不愿意调解，法院或调解组织不能强制进行。
灵活性：
- 调解可以在诉讼的任何阶段进行，包括庭前、庭审中以及庭审后。这为当事人提供了更多的选择和灵活性，可以根据案件进展和自身需求决定何时进行调解。
- 调解协议的内容必须合法，且不得违反国家法律规定，同时应充分尊重当事人的意思自治。这意味着调解协议是双方自愿达成的，且符合法律要求，因此具有更强的执行力和可接受性。
三、调解的具体实践
法院主动组织调解：
- 法院在审理劳动争议案件时，会根据案件的具体情况，认为有调解可能且有利于解决纠纷时，主动尝试组织双方当事人进行调解。
- 常见情形包括因工资支付、经济补偿金数额等争议起诉的案件，通过调解有可能促使双方达成都能接受的解决方案。
当事人申请调解：
- 对于劳动者而言，如果通过调解能够更快地获得补偿或解决争议问题，避免漫长的诉讼过程，同时满足自身主要诉求，申请调解可能是一个较好的选择。
- 对于用人单位而言，调解可以避免诉讼结果的不确定性带来的潜在风险，维护与劳动者之间的关系，减少对企业形象和正常经营的影响。
调解成功与不成的后果：
- 如果调解成功，双方可以达成调解协议，并由法院制作调解书，从而结束诉讼程序。调解书具有法律效力，当事人应当履行。
- 如果调解不成或者调解书送达前一方当事人反悔，法院会及时作出判决，以维护当事人的合法权益。
四、建议与注意事项
- 积极沟通：在调解过程中，双方应积极沟通，表达各自的需求和关切，寻求共同点，以达成互利共赢的解决方案。
- 理性选择：当事人应根据自身情况和实际需求，理性选择是否进行调解。如果认为调解有可能达成满意的结果，且愿意承担一定的风险，那么调解是一个值得考虑的选择。
- 准备充分：在调解前，当事人应充分准备相关证据和材料，了解自己的权利和义务，以便在调解过程中更好地维护自己的利益。
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