结论：在仲裁确认劳动关系后，单位起诉认为是劳务关系，法院在出裁决书时仍然是可以进行调解的。

详细分析：

1. 调解的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议仲裁委员会在受理仲裁申请后，可以在双方当事人自愿的基础上进行调解。若调解成功，应制作调解书，调解书经双方当事人签收后，即发生法律效力。
   • 同样，在法院审理劳动争议案件时，也鼓励双方当事人通过调解方式解决争议。法院可以在开庭前、审理过程中或判决前进行调解，调解成功则制作调解书，调解书与判决书具有同等法律效力。

2. 调解的适用性：

   • 在您描述的情况下，仲裁已经确认了劳动关系，但单位不服并起诉至法院认为是劳务关系。这并不影响法院在审理过程中进行调解的可能性。
   • 调解的目的是通过双方协商达成一致，从而避免进一步的法律争议和诉讼成本。因此，即使仲裁已经做出了裁决，法院仍然可以基于双方当事人的意愿进行调解。

3. 调解的流程与效果：

   • 如果双方同意调解，法院会组织双方进行协商，并可能提出调解方案供双方参考。
   • 调解成功后，法院会制作调解书，明确双方的权利和义务。调解书一旦签收，即具有法律效力，双方必须履行。
   • 如果调解不成，法院将继续审理案件并作出判决。

4. 对您的建议：

   • 在面对这种情况时，您可以考虑与单位进行协商，看是否能够通过调解方式解决争议。调解不仅可以节省时间和成本，还可以避免进一步的法律纠纷。
   • 如果您决定参与调解，建议提前准备好相关证据和材料，以便在调解过程中更好地维护自己的权益。
   • 如果调解不成或您对调解结果不满意，您仍然有权要求法院继续审理案件并作出判决。

后续行动建议：

• 如果您希望尝试调解，可以主动与单位联系表达调解意愿，并同时向法院表明您愿意接受调解的态度。
• 在调解过程中，保持冷静和理性，明确自己的诉求和底线，同时也要考虑对方的合理诉求，以寻求双方都能接受的解决方案。
• 如果调解不成或您对调解结果有异议，及时咨询我，我会根据您的具体情况提供进一步的法律建议和帮助。