结论：员工每天工作12个小时，是否可以申诉索赔，需根据具体工时制度和用人单位的行为来判断。在标准工时制下，若用人单位未依法安排工作时间，劳动者有权通过法律途径维权；在特殊工时制下，若用人单位已获批准并保障了劳动者的休息权利，则可能不构成违法，但劳动者仍需关注自身权益是否受侵害。

一、标准工时制下的情况

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。
   • 《中华人民共和国劳动法》第四十一条规定，用人单位因生产经营需要延长工作时间，需与工会和劳动者协商，且一般每日不得超过1小时；特殊原因下每日不得超过3小时，但每月不得超过36小时。

2. 权益侵害与维权：

   • 若用人单位未经协商强制要求劳动者每天工作12小时，或延长工作时间超过法定上限，则构成违法。
   • 劳动者可依据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，向劳动监察部门投诉，或向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求用人单位支付加班工资、赔偿金等。

二、特殊工时制下的情况

1. 法律依据：

   • 企业因生产特点不能实行标准工时制的，经劳动行政部门批准，可实行不定时工作制或综合计算工时工作制。
   • 不定时工作制的职工不受日延长工作时间和月延长工作时间标准的限制。
   • 综合计算工时工作制采用集中工作、集中休息等方式，确保职工休息休假权利。

2. 合法性与维权：

   • 若用人单位实行特殊工时制并已获批准，且按照相关规定保障了劳动者的休息权利，则每天工作12小时可能合法。
   • 但即便如此，劳动者仍需关注自身权益是否受侵害，如用人单位是否支付了相应的加班工资、是否提供了必要的休息条件等。若权益受侵害，劳动者仍可通过法律途径维权。

三、维权途径与流程

1. 协商：劳动者首先应与用人单位协商，要求其改正违法行为并支付加班工资等补偿。

2. 劳动仲裁：协商不成时，劳动者可向有管辖权的仲裁委员会提出劳动仲裁申请。申请时需提交书面仲裁申请，并按被申请人人数提交副本。申请书应载明双方基本信息、仲裁请求、事实和理由、证据等。

3. 诉讼：对仲裁裁决不服的，劳动者可向人民法院提起诉讼。

4. 证据收集：在维权过程中，劳动者应收集考勤记录、工资条、工作安排通知等相关证据，以证明加班事实和权益受侵害情况。

四、注意事项

1. 举证责任：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条，劳动者对自己提出的主张有责任提供证据。因此，在维权过程中，劳动者应务必保留好所有与工作时间相关的证据。

2. 仲裁时效：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者应及时采取行动以保护自己的合法权益。

总结与建议：员工每天工作12个小时是否可以申诉索赔，需根据具体工时制度和用人单位的行为来判断。在维权过程中，劳动者应了解相关法律法规，选择适当的维权途径，并注意收集和保留相关证据。若您面临此类问题，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。