有土地使用证的养殖场不一定不算违建，其是否违建取决于多个因素的综合考量。以下是对此问题的详细分析：
一、合法养殖的基本条件
手续齐全且合法：
- 养殖场若拥有完备的土地使用证，这是合法使用土地的基础。但除此之外，还需确保其他相关手续（如生产设施用地备案、环境影响评价、排污许可证、动物防疫条件合格证、工商登记及备案等）均齐全且合法获取。
- 手续的获取必须严格遵守法律法规，任何通过不正当手段取得的养殖手续都可能被撤销，基于此建设的养殖设施也将被视为违建。
符合规划要求：
- 养殖场的选址和建设必须符合国土空间规划、土地利用规划、城乡规划以及养殖行业规范。
- 不得在禁养区域（如饮用水水源保护区、风景名胜区、自然保护区的核心区和缓冲区等）内建设养殖场，否则即使拥有土地使用证，也可能因违反规划而被认定为违建。
二、可能被认定为违建的特殊情况
手续问题：
- 手续不全：若缺少关键手续，如在未取得合法土地使用许可（尽管已有土地使用证，但可能因其他原因如土地性质变更未获批等导致实际使用不合法）的情况下建设养殖设施，即使其他证件齐全，也可能因违反土地规划用途而被认定为违建。
- 手续违规获取：如前所述，通过不正当手段取得的养殖手续可能被撤销，养殖设施也将被视为违建。
建设不符合规定：
- 超出审批范围：实际建设的养殖设施与审批内容不符，如面积、位置、高度等超出部分，将被视为违建。
- 改变用途：未经许可擅自改变养殖场地及设施的用途，用于非养殖相关的建设或经营活动，改变用途部分将作为违建处理。
土地性质与用途不符：
- 即使拥有土地使用证，但如果土地性质与养殖用途不符（如将工业用地用于养殖），也可能因违反土地管理法规而被认定为违建。
三、实际操作建议
详细了解并遵守当地法律法规：
- 在建设养殖场之前，务必详细了解并遵守当地的法律法规，特别是关于养殖场选址、建设和手续办理的相关规定。
确保所有手续的齐全和合法获取：
- 确保所有养殖手续的齐全和合法获取，避免任何形式的欺骗或贿赂行为。
严格按照审批的规划、设计要求进行建设：
- 严格按照审批的规划、设计要求进行建设，不得超出审批范围或改变用途。
定期检查和更新养殖手续：
- 定期检查和更新养殖手续，确保其与现行法律法规保持一致。
举例说明：假设某养殖场拥有土地使用证，但在建设过程中未办理环境影响评价审批手续，且实际建设的养殖设施面积超出了审批范围。在这种情况下，该养殖场很可能因手续不全和建设不符合规定而被认定为违建。
总结与建议：有土地使用证的养殖场并不一定合法，其是否违建取决于手续是否齐全且合法、是否符合规划要求以及建设是否符合规定等多个因素。因此，在建设养殖场之前，务必做好充分的法律准备和咨询工作，以确保养殖场的合法性和长期稳定发展。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。