结论概述：员工在工厂签了包车费协议后被辞退，其权益保障及应对措施需根据具体情况分析，主要包括确认辞退合法性、主张经济补偿或赔偿、处理包车费协议相关事宜以及申请劳动仲裁等步骤。

1. 确认辞退的合法性

• 合法辞退：若工厂辞退员工的行为符合《劳动合同法》的相关规定，如员工存在严重违反公司规章制度、严重失职或营私舞弊给公司造成重大损害等情形，那么工厂的辞退行为是合法的。在此情况下，员工可能无法获得经济补偿或赔偿，但仍需关注包车费协议的履行情况。
• 非法辞退：若工厂辞退员工的行为不符合法律规定，如无正当理由辞退、未提前通知或未支付经济补偿等，那么工厂的辞退行为是非法的。员工有权要求工厂支付经济补偿或赔偿，并可以就包车费协议的履行问题提出主张。

2. 主张经济补偿或赔偿

• 经济补偿：根据《劳动合同法》的规定，工厂非法辞退员工时，应按照员工在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向员工支付经济补偿。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
• 赔偿：若工厂的辞退行为构成违法解除劳动合同，员工除有权要求经济补偿外，还可以要求工厂支付赔偿金。赔偿金的数额通常为经济补偿的两倍。

3. 处理包车费协议相关事宜

• 协议履行：若包车费协议是员工与工厂之间就交通费用达成的独立协议，且该协议不违反法律法规的强制性规定，那么员工应继续履行该协议（如已支付费用且未享受相应服务，可要求退还剩余费用）或要求工厂按照协议约定履行义务（如提供包车服务）。
• 协议解除或变更：若因辞退导致包车费协议无法继续履行，员工可与工厂协商解除或变更协议。若协商不成，员工可根据协议约定或相关法律法规要求工厂承担违约责任。

4. 申请劳动仲裁

• 仲裁申请：若员工与工厂在辞退、经济补偿、包车费协议等方面存在争议，且无法通过协商解决，员工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
• 仲裁流程：仲裁流程通常包括提交仲裁申请、受理、开庭审理、裁决等步骤。员工需准备相关证据材料，如劳动合同、辞退通知、经济补偿计算依据、包车费协议等，以支持自己的主张。

5. 注意事项

• 保留证据：员工应妥善保管与辞退、经济补偿、包车费协议等相关的所有证据材料，以便在需要时提供证明。
• 及时咨询：若员工对辞退、经济补偿、包车费协议等问题存在疑问或不确定如何处理，应及时咨询专业律师或法律机构，以获取准确的法律意见和帮助。

行动建议：鉴于您目前的情况，我建议您首先确认辞退的合法性，并收集相关证据材料。然后，与工厂协商经济补偿和包车费协议的处理事宜。若协商不成，您可以考虑向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在整个过程中，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。