针对您提出的“老板卷钱跑了员工被抓怎么处理”这一问题，这实际上是一个涉及法律程序和公司内部管理两个层面的复杂情况。不过，从员工被抓这一结果反推，很可能是员工在老板卷款逃跑的过程中，因涉及某些违法行为（如协助老板转移资金、共同侵占公司财产等）而被牵连。以下是我为您提供的详细处理建议：

一、立即了解具体情况

1. 与警方沟通：首先，应尽快与负责此案的警方取得联系，了解员工被抓的具体原因、涉嫌的罪名以及案件的进展情况。
2. 收集内部信息：同时，公司内部应迅速展开调查，收集与员工被抓相关的所有信息，包括员工的工作职责、与老板的接触情况、是否有异常行为等。

二、法律层面的应对

1. 聘请律师：鉴于情况的复杂性，公司应尽快聘请专业律师，为员工提供法律咨询和辩护服务。律师将能够根据案件具体情况，为员工制定合适的法律策略。
2. 配合警方调查：公司应积极配合警方的调查工作，提供所有与案件相关的证据和信息，以协助警方尽快查明事实真相。
3. 关注员工权益：在配合警方调查的同时，公司也应关注员工的合法权益，确保员工在调查过程中不受不公正对待。

三、公司内部管理层面的反思与改进

1. 审查内部管理制度：公司应借此机会审查内部管理制度，特别是财务管理和资金监管方面是否存在漏洞或不足。
2. 加强员工培训：加强对员工的法律意识和职业道德培训，提高员工对违法行为的识别能力和防范意识。
3. 完善监督机制：建立健全的内部监督机制，确保公司资金的安全和合规使用。例如，可以实行双人操作制度、定期审计制度等。

四、对被抓员工的后续处理

1. 根据法律结果处理：根据警方的调查结果和法院的判决，公司应依法对被抓员工进行处理。如果员工被证实有违法行为，公司应依据内部规章制度和法律法规进行相应处罚。
2. 提供必要支持：在员工面临法律困境时，公司可以在合法合规的前提下为员工提供必要的支持，如协助联系律师、提供相关证据等。

五、总结与建议

此次事件应作为公司加强内部管理和风险防范的重要契机。公司应建立健全的财务管理制度、加强员工培训和监督、完善风险防范机制，以降低类似事件再次发生的风险。同时，公司也应加强与警方的合作与沟通，共同维护社会的法治秩序和公司的合法权益。

希望以上建议能对您有所帮助。在处理此类复杂情况时，请务必保持冷静、理性，并依法依规进行操作。