结论：甲方将所有工程款打到联合体成员单位是否合法，需根据联合体协议的具体约定以及相关法律法规来判断。以下从不同角度进行分析：
一、联合体协议的约定
若联合体协议有明确约定：
- 如果联合体协议中明确规定了工程款的支付方式，包括支付对象、支付时间、支付条件等，且甲方按照该约定将工程款支付给了联合体成员单位，那么这种支付方式是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人之间可以约定合同的内容，只要该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是有效的。
若联合体协议无明确约定或约定不明确：
- 如果联合体协议中没有明确规定工程款的支付方式，或者约定不明确，那么甲方将工程款支付给联合体成员单位的行为可能存在法律风险。
- 法律后果：在这种情况下，联合体其他成员可能会认为甲方的支付行为违反了联合体协议的约定，从而引发纠纷。联合体其他成员可以要求甲方按照合理的方式重新支付工程款，或者要求联合体成员单位将收到的工程款按照约定进行分配。
二、相关法律法规的规定
工程款支付的一般规定：
- 根据《中华人民共和国建筑法》及相关法律法规的规定，工程款应当按照合同约定支付给承包人。在联合体项目中，承包人通常指的是联合体整体，而非单个成员单位。
- 法律风险：如果甲方未经联合体其他成员同意，擅自将工程款支付给其中一个成员单位，可能构成违约行为，需要承担相应的法律责任。
联合体项目的特殊性：
- 在联合体项目中，联合体成员之间通常存在内部协议，约定各自的权利和义务。如果内部协议中明确规定了工程款的支付方式，且该方式不违反法律法规的强制性规定，那么甲方按照内部协议支付工程款是合法的。
- 注意事项：然而，即使内部协议有约定，甲方在支付工程款时也应当谨慎行事，确保支付行为不会损害联合体其他成员的合法权益。如果甲方对内部协议的内容存在疑问或不确定，建议咨询专业律师或相关机构。
三、实际操作建议
审查联合体协议：
- 在联合体项目中，各方应当仔细审查联合体协议的内容，确保协议中明确规定了工程款的支付方式、支付对象等关键条款。
加强沟通与协调：
- 联合体成员之间应当加强沟通与协调，确保在工程款支付问题上达成一致意见。如果存在分歧或争议，应当及时通过协商、调解等方式解决。
咨询专业律师：
- 如果对联合体协议的内容或工程款支付问题存在疑问或不确定，建议咨询专业律师或相关机构，以获取专业的法律意见和建议。
总结与启示：甲方将所有工程款打到联合体成员单位是否合法，需根据联合体协议的具体约定以及相关法律法规来判断。在联合体项目中，各方应当加强沟通与协调，确保工程款支付问题的合法性和合理性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。