结论是：签订合同的是公司，但打款是项目部，这种操作是否合法需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同主体与付款主体不一致的合法性基础
合同相对性原则：
- 合同具有相对性，即合同的权利义务原则上仅约束合同双方。若公司作为合同签订方，项目部作为公司内部的一个部门或项目组，其付款行为在特定情况下可视为公司行为。
- 关键点：需证明项目部付款是受公司委托或授权，且该付款行为与公司合同义务相关联。
表见代理或职务行为：
- 若项目部工作人员在付款时持有公司授权文件或能够证明其付款行为是职务行为（如项目部负责人签字、公司盖章的付款指示等），则可能构成表见代理或职务行为，付款行为有效。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于代理和职务行为的规定，若行为人具备代理权外观或职务身份，且相对人（如收款方）有理由相信其有权代表公司付款，则付款行为对公司发生效力。
二、可能存在的法律风险及防范措施
法律风险：
- 若项目部未经公司授权擅自付款，或收款方无法证明项目部付款行为与公司合同义务相关联，则可能引发付款无效、合同履行纠纷等法律风险。
- 后果：公司可能面临重复付款、无法追回错误付款等损失，同时可能影响公司信誉和合同履行能力。
防范措施：
- 明确授权：公司应在合同中或通过书面文件明确授权项目部进行付款，并规定付款条件、限额等。
- 完善流程：建立严格的付款审批流程，确保项目部付款前获得公司必要授权和审批。
- 保留证据：保存好付款指示、授权文件、付款凭证等证据，以备不时之需。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 仔细审查合同条款，确认合同中是否明确约定了付款方式、付款主体等事项。
- 若合同未明确约定，可考虑通过补充协议或书面文件进行明确。
与收款方沟通：
- 在付款前与收款方进行沟通，确认收款方对付款主体的要求，并确保付款行为符合收款方要求。
- 若收款方对付款主体有严格要求（如必须公司账户付款），则应遵守其要求，避免引发纠纷。
咨询专业律师：
- 若对付款行为的合法性存在疑虑，或已因此引发纠纷，建议及时咨询专业律师，获取法律意见和帮助。
最后，签订合同的是公司但打款是项目部这种操作是否合法，需根据具体情况判断。为确保合法性和避免法律风险，建议公司在操作前明确授权、完善流程、保留证据，并在必要时咨询专业律师。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。