结论：分公司接收总公司签订的工程合同款项，并不直接构成违法，但需满足一定条件且需谨慎处理相关财务和法律事务。以下从多个角度进行详细分析：
分公司法律地位与权限
- 分公司作为总公司的分支机构，通常不具备独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。然而，分公司可以在总公司的授权范围内开展经营活动，包括签订合同和接收款项。
- 如果总公司明确授权分公司接收工程款项，并且该授权在合同中有所体现或双方有明确的约定，那么分公司接收款项是合法的。
合同条款与约定
- 审查工程合同中关于款项支付的条款。如果合同中明确指定了收款账户为分公司的账户，或者合同中允许将款项支付至总公司指定的账户（包括分公司账户），那么分公司接收款项是符合合同约定的。
- 如果合同中没有明确指定收款账户，但双方在实际操作中形成了将款项支付至分公司账户的惯例，并且没有因此产生任何纠纷或异议，那么这种做法在实践上也是被接受的。但为了避免未来可能出现的争议，建议双方通过补充协议或书面确认的方式明确收款账户。
税务与财务合规性
- 分公司接收款项后，需要确保税务和财务处理的合规性。这包括正确开具发票、按时申报纳税、保持财务记录的完整性和准确性等。
- 如果分公司未能妥善处理这些事务，可能会导致税务违规或财务混乱，进而引发法律风险。
潜在法律风险与防范
- 尽管分公司接收款项本身不违法，但如果存在未经授权接收款项、挪用资金、逃税等违法行为，将可能面临法律制裁。
- 为了防范这些风险，建议总公司加强对分公司的管理和监督，确保分公司的经营活动在授权范围内进行，并定期进行财务审计和合规检查。
建议：
- 总公司应明确授权分公司接收工程款项，并在合同中或通过补充协议明确收款账户。
- 分公司应确保税务和财务处理的合规性，避免任何违法行为。
- 双方应定期沟通并审查合同执行情况，确保所有操作都符合合同约定和法律规定。
如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律分析和建议。