关于大公司和小公司组成联合体后工程款转小公司是否合法的问题，需分情况讨论：
若联合体协议中有明确约定：在建设工程领域，大公司和小公司组成联合体参与项目投标并中标后，通常会签订联合体协议。如果该协议中明确约定了工程款的分配方式，包括将部分或全部工程款转至小公司账户，且该约定不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，那么这种转账行为在联合体内部是合法的。但需注意，这种转账行为仍需符合相关财务和税务规定。
若联合体协议中无明确约定或约定不明确：若联合体协议中未对工程款的分配作出明确约定，或约定不明确，此时将工程款转至小公司账户可能引发争议。一方面，这种转账行为可能被视为对联合体协议的违反，导致联合体内部成员之间的纠纷；另一方面，如果转账行为未得到项目业主的同意或认可，还可能引发与项目业主之间的纠纷。因此，在这种情况下，将工程款转至小公司账户需谨慎处理，最好通过联合体内部协商或签订补充协议来明确工程款的分配方式。
需考虑法律法规和监管要求：在建设工程领域，工程款的支付和分配受到严格的法律法规和监管要求的约束。例如，工程款需专款专用，不得挪作他用；同时，还需遵守相关的税务规定和财务制度。因此，在将工程款转至小公司账户时，必须确保符合这些法律法规和监管要求，否则可能面临法律风险和监管处罚。
法律建议：
完善联合体协议：在组成联合体参与项目投标前，应完善联合体协议，明确工程款的分配方式、支付时间、支付条件等关键条款，以避免后续纠纷。
遵守法律法规和监管要求：在将工程款转至小公司账户时，必须严格遵守相关的法律法规和监管要求，确保转账行为的合法性和合规性。
加强内部沟通和协商：如果联合体内部对工程款的分配存在争议或不明确之处，应及时加强内部沟通和协商，通过签订补充协议或采取其他合法方式来明确工程款的分配方式。
综上所述，大公司和小公司组成联合体后工程款转小公司是否合法需根据具体情况来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。