结论：甲方把工程款支付给其他公司是否合法，需根据具体情况判断，一般而言，若未经合同相对方（即实际承包或施工的公司）同意，擅自将工程款支付给其他公司，可能构成违约或违法；若存在合法授权、指定收款、债务转移等情形，则可能合法。

分析说明：

1. 未经同意擅自支付：

   • 法律背景：在建设工程合同中，甲方（发包方）与乙方（承包方或施工方）之间会明确约定工程款的支付方式、支付对象等条款。若甲方未经乙方同意，擅自将工程款支付给其他公司，这通常违反了合同约定。
   • 法律后果：甲方可能因此构成违约，需要承担违约责任，包括但不限于支付违约金、赔偿乙方因此遭受的损失等。同时，乙方也有权要求甲方继续履行合同，即支付工程款至合同约定的账户。

2. 存在合法授权或指定收款：

   • 法律背景：在某些情况下，乙方可能因自身原因（如账户问题、税务筹划等）需要甲方将工程款支付给其他公司或第三方。此时，若乙方出具了合法有效的授权委托书或指定收款通知，且甲方按照乙方的指示进行了支付，则这种支付行为是合法的。
   • 法律建议：为确保支付行为的合法性，甲方在收到乙方的授权委托书或指定收款通知后，应仔细核对相关信息的真实性、有效性，并保留好相关证据，以备不时之需。

3. 债务转移或三方协议：

   • 法律背景：在建设工程领域，有时会出现债务转移或三方协议的情况。即乙方将其对甲方的债权（工程款）转让给其他公司，或甲方、乙方与第三方公司达成协议，约定由第三方公司代为收取工程款。在这种情况下，若相关协议合法有效且已履行了必要的法律手续（如通知债务人、办理债权转让登记等），则甲方将工程款支付给其他公司是合法的。
   • 法律建议：在涉及债务转移或三方协议时，各方应确保相关协议的合法性、有效性，并严格按照协议约定履行各自义务。同时，为避免纠纷的发生，建议在协议中明确约定各方的权利义务、违约责任等条款。

行动建议：

• 若您作为乙方发现甲方擅自将工程款支付给其他公司，且未经您同意，您应及时与甲方沟通协商，要求其立即停止违法行为并支付工程款至合同约定的账户。若协商无果，您可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。
• 若您作为甲方需要向其他公司支付工程款（如因乙方授权、指定收款或债务转移等原因），请务必确保相关行为的合法性、有效性，并保留好相关证据以备不时之需。

进一步思考：在实际操作中，建设工程合同纠纷往往涉及复杂的法律关系和事实认定。因此，在处理此类纠纷时，建议各方当事人充分了解相关法律法规和合同条款，并在必要时寻求专业律师的帮助以确保自身权益得到妥善维护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。