用人单位确实存在以劳动者不能胜任工作为由解除劳动关系的情形，但必须严格遵循法定条件和程序。以下是具体分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条第（二）项的规定，劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的，用人单位可以解除劳动合同。这一条款为用人单位以“不能胜任工作”为由解除劳动关系提供了明确的法律依据。
二、解除劳动关系的法定条件与程序
初次证明不胜任：
- 用人单位需提供客观证据（如绩效考核结果、工作记录等），证明劳动者在现岗位无法完成工作任务或未达到岗位要求。
- 考核标准应明确且已告知劳动者，例如通过规章制度、劳动合同约定等方式。
培训或调岗措施：
- 培训：针对不胜任的方面提供专项培训（如技能培训、职业素养提升），并记录培训内容、时间及效果评估。
- 调岗：调整到与原岗位相关或能力要求较低的岗位，确保新岗位的合理性（如薪资、职级不大幅降低）。
- 注意：培训和调岗需实际发生，不可仅流于形式。
二次证明仍不胜任：
- 培训或调岗后，需再次通过考核或工作表现证明劳动者仍无法胜任新岗位。
- 二次考核的标准应与调岗/培训后的要求一致。
提前通知或支付代通知金：
- 用人单位需提前30日书面通知劳动者解除合同，或额外支付一个月工资作为代通知金。
经济补偿：
- 解除合同时需按每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付经济补偿（N倍月工资，N为工作年限）。
三、禁止性条件
- 孕期、产期、哺乳期女职工：即使不胜任工作，用人单位也不得以此为由解除合同（《劳动合同法》第四十二条）。
- 医疗期内职工：若劳动者处于规定的医疗期，用人单位不得依据“不胜任工作”解除合同（《劳动合同法》第四十二条）。
- 未履行法定程序：未经培训或调岗直接解除合同属违法。
四、典型案例与风险提示
案例：某公司因员工A连续两季度业绩不达标，直接以“不胜任工作”为由解除合同。
分析：
- 公司未对A进行培训或调岗，直接解除合同违反法定程序。
- 结果：法院判定公司构成违法解除，需支付赔偿金（2N倍月工资）。
风险提示：
- 用人单位在解除劳动关系前，必须确保已履行所有法定程序，否则可能面临违法解除的法律后果。
- 劳动者在接到解除通知后，如认为用人单位未履行法定程序或存在其他违法行为，可依法维护自身权益。
五、操作建议
- 完善考核制度：制定明确的岗位职责和量化考核指标，并定期公示考核结果。
- 留存证据：保存培训记录、调岗通知、考核报告等材料，证明解除程序的合法性。
- 协商优先：在解除合同前，可尝试与劳动者协商调岗或解除合同的条件（如协商解除协议）。
在实际操作中，用人单位应严格遵守法定条件和程序，确保解除劳动关系的合法性与合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。