结论前置：公司以不能胜任工作为由解除劳动关系，在符合法定程序的情况下，劳动者有权获得经济补偿。若公司未依法行事，劳动者还有权要求支付赔偿金。
法律依据与原则
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条及第四十六条的规定，当劳动者不能胜任工作时，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付一个月工资后，可以解除劳动合同；且依据第四十六条规定，此种情形下用人单位应当向劳动者支付经济补偿。
具体操作要点与用人单位义务
证明不胜任工作：
- 用人单位需承担举证责任，提供充分的证据证明劳动者不胜任本职工作。这包括明确的岗位职责、绩效考核标准以及劳动者未能达到这些标准的具体表现，如业绩数据、工作失误记录等。例如，销售岗位可根据销售额、客户开发数量、客户满意度等多维度进行考核，若劳动者在连续多个考核周期内未达到公司设定的合理指标，可初步认定为不能胜任工作。
培训或调岗：
- 用人单位不能直接解除劳动合同，而应先对劳动者进行培训或调整工作岗位。培训内容应具有针对性，旨在提升劳动者的工作能力；调岗应合理，考虑劳动者的技能、经验和职业发展。例如，若劳动者在销售岗位表现不佳，公司可安排其参加销售技巧培训，或将其调岗至市场部门，以发挥其潜在能力。
再次考核：
- 经过培训或调岗后，用人单位需对劳动者进行再次考核。只有在再次考核仍不能胜任的情况下，才能解除劳动合同。这一步骤是确保解除劳动合同的合法性和合理性的关键。
经济补偿的计算与支付：
- 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资指劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。若劳动者月工资高于所在地区上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。
- 计算公式：经济补偿金 = 工作年限 × 月工资（月工资高于地区上年度职工月平均工资三倍的，按三倍计算，且支付年限最高不超过十二年）。
违法解除的后果
- 若用人单位未按照法定条件和程序解除劳动合同，如没有明确的考核标准、未进行培训或调岗、或直接以“不能胜任工作”为由解除等，均可能构成违法解除劳动合同。
- 在此情况下，劳动者可以要求用人单位继续履行劳动合同；若劳动合同无法继续履行或劳动者不要求继续履行，用人单位需支付赔偿金，标准为经济补偿的二倍。
实际建议
- 劳动者：若公司以不能胜任工作为由解除劳动关系，劳动者应首先确认公司是否履行了法定程序，如是否进行了培训或调岗、是否进行了再次考核等。若公司未依法行事，劳动者有权要求公司支付经济补偿或赔偿金，并可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
- 用人单位：在解除劳动关系前，用人单位应确保解除程序的合法性和合理性，避免违法解除劳动合同带来的法律风险。同时，用人单位应建立健全的绩效考核制度和培训调岗机制，以提升劳动者的工作能力和职业素养。
综上所述，公司以不能胜任工作为由解除劳动关系时，必须严格遵守法律规定，确保解除程序的合法性和合理性，并依法向劳动者支付经济补偿。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。