在开庭审理时，如果被告人申请公诉人回避，这一申请通常由人民检察院的检察长来决定。以下是详细解释：
法律依据与决定主体
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，审判人员、检察人员、侦查人员的回避，应当分别由院长、检察长、公安机关负责人决定。在开庭审理阶段，公诉人作为检察人员参与诉讼，如果被告人认为公诉人存在法定回避情形（如与案件有利害关系、可能影响公正处理案件等），可以向法庭提出回避申请。这一申请随后会由人民检察院的检察长进行审查并作出决定。
决定流程与后续处理
提出申请：被告人或其辩护人应当在开庭审理前或审理过程中，以书面或口头形式向法庭提出回避申请，并说明理由。
审查决定：法庭在收到回避申请后，会暂停审理，将申请转交人民检察院。检察长会对申请进行审查，如果认为申请有理，会决定公诉人回避，并另行指派其他检察人员出庭支持公诉；如果认为申请无理，会驳回申请，并说明理由。
复议与申诉：如果被告人对检察长的决定不服，可以申请复议一次。复议期间，被申请回避的公诉人一般不停止参与诉讼活动。如果复议结果仍不能满足被告人的要求，被告人还可以在后续诉讼阶段通过其他途径（如上诉、申诉等）来维护自己的合法权益。
注意事项与建议
及时提出申请：被告人或其辩护人应当在发现公诉人存在法定回避情形时，及时提出回避申请，以免影响案件的公正审理。
充分说明理由：在提出回避申请时，被告人或其辩护人应当充分说明理由，并提供相关证据或线索，以便法庭和人民检察院进行审查。
尊重法庭决定：无论回避申请是否得到支持，被告人都应当尊重法庭的决定，并积极配合后续诉讼活动的进行。
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