结论：公司第二次只给半年合同是否合法，需根据具体情况判断，主要看是否符合《中华人民共和国劳动合同法》中关于劳动合同期限的相关规定。
分析：
劳动合同期限的法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动合同分为固定期限劳动合同、无固定期限劳动合同和以完成一定工作任务为期限的劳动合同。
- 固定期限劳动合同，是指用人单位与劳动者约定合同终止时间的劳动合同。用人单位与劳动者协商一致，可以订立固定期限劳动合同。
- 在连续订立二次固定期限劳动合同，且劳动者没有本法第三十九条和第四十条第一项、第二项规定的情形，续订劳动合同的，劳动者提出或者同意续订、订立劳动合同的，除劳动者提出订立固定期限劳动合同外，应当订立无固定期限劳动合同。
公司第二次只给半年合同的情况分析：
- 如果员工在第一次3年合同期满后，表现良好，没有违反公司规章制度或法律规定的行为，且双方都有意愿继续合作，那么公司第二次只给半年合同可能并不符合常规做法，也不一定符合劳动法的精神，即保护劳动者的稳定就业权益。
- 然而，如果双方协商一致，或者存在某些特殊情况（如项目制工作、季节性工作等），使得半年合同更为合适，且这种安排不违反法律的强制性规定，那么这种合同期限的安排也是可能的。但这种情况较为特殊，需要具体分析。
- 特别需要注意的是，如果员工已经连续订立了两次固定期限劳动合同，且符合订立无固定期限劳动合同的条件（如没有违法违纪行为、双方同意续订等），那么除非员工自己提出订立固定期限劳动合同，否则公司应当与员工订立无固定期限劳动合同。
法律建议：
- 对于员工来说，如果公司第二次只给半年合同，且自己希望继续在公司工作，可以与公司进行沟通，了解公司的具体考虑和安排，同时表达自己的意愿和期望。
- 如果员工认为公司的做法违反了劳动法的规定，或者对自己的权益造成了损害，可以咨询专业律师（如我，杨文萍律师，专注于婚姻家庭、建设工程、刑事辩护、经济纠纷领域，当然也包括劳动纠纷），了解自己的法律权益和可能的维权途径。
可能后果：
- 如果公司第二次只给半年合同的做法违反了劳动法的规定，员工有权要求公司改正，或者向劳动监察部门投诉，甚至通过法律途径维护自己的权益。
- 如果员工接受了半年合同，但在合同期内或合同期满后发现自己的权益受到了损害，也可以依法维权。
总之，公司第二次只给半年合同是否合法，需根据具体情况和劳动法的相关规定来判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。