虚开增值税发票案件中，公安直接介入而未经过税务局调查认定，在特定情形下是合法的。具体分析如下：

1. 法律赋予公安机关的直接立案权
   根据《刑事诉讼法》第112条，公安机关对现行犯或重大嫌疑分子可直接立案侦查，无需以行政机关认定为前提。虚开增值税发票罪（《刑法》第205条）属于严重经济犯罪，若公安机关掌握确凿证据（如资金回流、虚假交易记录等），可直接启动刑事程序。例如，企业通过空壳公司虚开发票且金额巨大，公安机关在掌握完整证据链后可直接介入。

2. 税务机关与公安机关的协作机制
   《税收征收管理法》第5条及《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》明确，税务机关发现涉嫌犯罪的案件应移送公安机关，但未禁止公安机关主动介入。实践中，公安机关常通过“行刑衔接”机制与税务机关协同办案，但若案件紧急或证据可能灭失（如企业准备注销、转移资金），公安机关可直接采取强制措施。

3. 例外情形：必须以税务认定为前提的案件
   若案件涉及税款数额认定、发票真伪鉴定等专业技术问题，公安机关通常需等待税务机关出具《税务处理决定书》或《税务行政处罚决定书》作为证据。例如，企业虚开发票但辩称“善意取得”，此时需税务机关先认定其主观故意，公安机关方可立案。

实务建议：

• 若企业被公安直接介入，应立即核查是否涉及资金异常、交易虚假等证据，而非单纯等待税务认定。
  
• 公安机关立案后，税务机关仍会配合调查（如出具《已证实虚开通知单》），但此时案件已进入刑事程序，企业需优先应对刑事风险。
  
• 辩护时，可主张公安机关越权介入（如无紧急情形），但需结合具体证据判断成功率。

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件细节。