虚开增值税专用发票案的公安管辖问题，核心结论如下：

1. 地域管辖原则
   根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第15-17条，虚开增值税专用发票案原则上由犯罪地公安机关管辖，包括发票开具地、抵扣地、税款流失地等关联地点。若犯罪行为涉及多地，可由主要犯罪地公安机关管辖，或由上级公安机关指定管辖。例如，若发票在A地开具、在B地抵扣，两地公安机关均有管辖权，但通常由税款流失更严重的B地主导侦查。

2. 级别管辖与职能分工
   虚开增值税专用发票案通常由县级以上公安机关经侦部门负责侦查。若案值巨大（如虚开税额超500万元）、涉及跨省团伙或国家工作人员参与，可能升级为省级公安机关或公安部督办案件，由更高层级经侦部门直接介入或协调多地联合侦查。

3. 指定管辖的特殊情形
   若存在管辖争议（如多地公安机关均主张管辖权），或案件涉及重大利益冲突，可由共同上级公安机关指定管辖。例如，某省A市与B市公安机关对一起跨市虚开案管辖权争议，可由省公安厅指定其中一市管辖，或指定第三市管辖以避免利益关联。

4. 税务机关与公安机关的协作
   根据《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》，税务机关在查处虚开案件时，若发现涉嫌犯罪，需在24小时内将案件移送同级公安机关，并附证据材料。公安机关受理后，税务机关需配合侦查，如提供涉税数据、协助调查等。

实务建议：

• 若企业或个人涉及虚开案件，应第一时间委托律师介入，分析发票流向、资金回流等证据，判断管辖地是否合理，避免因管辖问题导致程序延误。
  
• 若案件被指定管辖或升级为督办案件，需重点关注侦查机关的级别对应的程序要求（如省级公安机关侦查的案件，可能直接由检察院省级部门审查起诉）。
  

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