关于虚开增值税专用发票罪的管辖问题，这主要涉及到的是刑事案件的司法管辖权，通常这类案件会由犯罪行为发生地或者犯罪嫌疑人居住地的公安机关、人民检察院以及人民法院来管辖。不过，更具体和深入的解答，我们可以从以下几个方面来探讨：

一、地域管辖原则

在刑事诉讼中，地域管辖是一个基本原则。对于虚开增值税专用发票罪，一般由犯罪行为发生地或者犯罪嫌疑人居住地的司法机关来管辖。这里的“犯罪行为发生地”包括虚开行为的实施地、发票的开具地、抵扣地等与犯罪行为直接相关的地点。而“犯罪嫌疑人居住地”则通常指的是犯罪嫌疑人的户籍所在地或者经常居住地。

二、级别管辖与专门管辖

除了地域管辖外，刑事案件还会根据案件的性质、情节以及影响范围等因素，确定由哪一级别的司法机关来管辖。对于虚开增值税专用发票罪，由于其涉及的是严重的经济犯罪，且可能涉及跨地区的犯罪行为，因此，这类案件往往由较高级别的司法机关，如市级或省级的公安机关、人民检察院以及人民法院来管辖。此外，如果案件涉及特定的行业或领域，如税务、金融等，还可能由专门的司法机关或部门来管辖。

三、实际管辖中的考量因素

在实际操作中，司法机关在确定管辖权时，还会考虑一系列其他因素，如案件的复杂性、证据的收集难度、犯罪嫌疑人的社会影响等。例如，如果案件涉及多个地区或多个犯罪嫌疑人，司法机关可能会根据案件的具体情况，协调不同地区的司法机关共同管辖或指定某一地区的司法机关为主管机关。

四、管辖权争议与解决

在司法实践中，有时会出现不同司法机关对同一案件的管辖权存在争议的情况。这时，通常会通过协商、上级机关指定管辖等方式来解决。例如，如果两个地区的公安机关都对某一虚开增值税专用发票罪案件主张管辖权，它们可以通过协商来确定由哪一方来管辖；如果协商不成，则可以报请共同的上级公安机关来指定管辖。

五、建议与注意事项

对于涉及虚开增值税专用发票罪的案件，无论是犯罪嫌疑人还是被害人，都应及时向当地的司法机关报案或举报，并积极配合司法机关的调查和审理工作。同时，由于这类案件往往涉及复杂的法律问题和专业的税务知识，因此，建议当事人在处理这类案件时，寻求专业律师的帮助和指导，以确保自己的合法权益得到充分保障。

综上所述，虚开增值税专用发票罪的管辖问题是一个复杂而重要的问题，它涉及到刑事诉讼中的地域管辖、级别管辖与专门管辖等多个方面。在实际操作中，司法机关会根据案件的具体情况来确定管辖权，并依法进行审理和判决。