虚开发票罪与虚开增值税专用发票罪在管辖上并非完全不适用同一套体系，但二者存在区别，需分情况讨论：
罪名性质与管辖原则
虚开发票罪（《刑法》第二百零五条之一）与虚开增值税专用发票罪（《刑法》第二百零五条）均属于破坏社会主义市场经济秩序罪中的危害税收征管类犯罪。根据《刑事诉讼法》第二十五条，刑事案件由犯罪地（包括犯罪行为发生地和结果发生地）的公安机关管辖，若由被告人居住地管辖更适宜的，可由居住地公安机关管辖。因此，两罪在管辖上均遵循“犯罪地为主、居住地为辅”的基本原则，但具体适用时需结合犯罪行为特征进一步分析。
虚开增值税专用发票罪的特殊管辖规则
虚开增值税专用发票罪因涉及国家增值税税款损失，其管辖可能更侧重于税款流失地（即增值税专用发票的抵扣地或税款核算地）。例如，若虚开的发票被跨省抵扣，导致税款在B省流失，则B省税务机关或公安机关可能参与管辖。此外，根据《公安机关办理刑事案件程序规定》，对于重大、复杂的虚开增值税专用发票案件，上级公安机关可直接管辖或指定管辖，以协调跨区域侦查资源。
虚开发票罪的管辖侧重点
虚开发票罪的犯罪对象为普通发票（非增值税专用发票），其危害性主要体现在扰乱发票管理秩序，而非直接导致国家税款损失。因此，其管辖更侧重于发票开具地或行为实施地。例如，若行为人在A省虚开发票并邮寄至C省使用，则A省作为开具地、C省作为使用地均可能具有管辖权，但实践中通常以开具地公安机关为主侦查。
两罪管辖的交叉与协调
若同一行为同时涉及虚开增值税专用发票和普通发票（如为掩盖虚开增值税专用发票而虚开普通发票），则可能构成数罪并罚。此时，管辖机关需根据主要犯罪行为或犯罪结果地确定主导管辖权，必要时可由共同上级公安机关指定管辖，以避免侦查冲突。
总结：虚开发票罪与虚开增值税专用发票罪在管辖上均遵循刑事案件的基本管辖原则，但后者因涉及税款流失可能存在更复杂的跨区域协调机制。若您遇到具体案件管辖争议，建议提供行为细节（如发票类型、跨区域情况等），我可进一步分析管辖权归属及应对策略。