前后邻居均违建的情况下，双方签订的协议是否有效，需分情况讨论：

1. 协议内容合法合规：

   • 如果双方签订的协议内容并不涉及违建部分的合法化或确认违建部分的权益，而是针对其他合法事项（如排水、通行、采光等相邻关系的调整）进行约定，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议是有效的。例如，双方约定违建部分不得影响对方的正常通行和采光，这样的约定是合法且有效的。

2. 协议内容涉及违建权益：

   • 如果协议内容涉及对违建部分的权益进行确认或分配，如约定违建部分归某一方所有或使用，或者约定双方共同承担违建部分的维修费用等，这样的协议可能是无效的。因为违建本身是不合法的，其权益不应得到法律的确认和保护。根据《民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，违背公序良俗的民事法律行为也无效。

3. 协议签订时的法律状态：

   • 还需要考虑协议签订时违建的法律状态。如果违建已经被相关部门认定为违法并责令拆除，那么双方在此基础上签订的协议很可能因违建的不合法性而无效。因为此时违建部分的权益已经不存在，任何关于违建部分的约定都失去了法律基础。

4. 协议的实际履行情况：

   • 即使协议在签订时看似有效，但如果在实际履行过程中因为违建问题导致无法履行或产生纠纷，法院在审理时也会考虑违建的合法性对协议效力的影响。如果违建被拆除或需要拆除，那么关于违建部分的约定自然无法履行，协议的相关条款也可能因此无效。

法律建议：

• 对于前后邻居均违建的情况，建议双方首先咨询相关部门了解违建的处理方式和法律后果。
• 如果双方希望就相邻关系进行约定，应确保约定内容合法合规，不涉及违建部分的权益。
• 如果已经签订了涉及违建权益的协议，建议及时咨询专业律师，评估协议的效力及可能面临的法律风险，并考虑是否需要重新签订合法有效的协议。

可能后果：

• 如果协议被认定无效，双方可能无法依据协议主张权益，甚至可能因违建问题面临行政处罚或民事赔偿。
• 因此，在签订涉及违建的协议时，务必谨慎对待，避免因小失大。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。