关于自建房邻居协议签字是否有效的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况进行综合判断。以下是我从多个角度为你进行的分析：

1. 协议内容合法性：

   • 首先，协议的内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定和公序良俗。例如，如果协议中约定了非法占用土地、改变土地用途或者侵犯他人合法权益等条款，那么这样的协议是无效的。
   • 合法性还体现在协议是否涉及了应当由法律、行政法规规定的事项，而协议内容却与之相悖。

2. 双方真实意愿：

   • 协议必须是双方真实意愿的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订协议时受到了欺诈或胁迫，那么该协议可能因缺乏真实意愿而无效。
   • 双方应当是在平等、自愿的基础上签订协议，任何一方都不得将自己的意志强加给另一方。

3. 产权清晰无瑕疵：

   • 对于自建房而言，出卖人（或协议的一方）必须拥有完整的产权证明，包括合法的建房审批手续等。如果产权存在瑕疵或争议，那么基于该产权签订的协议可能无效。
   • 例如，如果自建房是未经批准擅自建造的，或者存在产权纠纷（如继承权争议、共有权争议等），那么相关的协议可能因产权问题而无效。

4. 邻居协议的特殊性：

   • 邻居协议通常涉及的是相邻关系，如通行、排水、采光等。这类协议的有效性往往还取决于是否损害了其他邻居的合法权益。
   • 如果协议内容涉及到了对第三方（其他邻居）权益的侵犯或限制，且未得到第三方的同意或认可，那么这样的协议可能因侵犯第三方权益而无效或部分无效。

5. 形式要件：

   • 虽然口头协议在某些情况下也可能具有法律效力，但为了避免纠纷和证明协议的存在及内容，建议采用书面形式签订协议。
   • 书面协议应当明确双方的权利义务、违约责任等关键条款，并由双方签字或盖章确认。

建议：

• 在签订自建房邻居协议前，务必确保协议内容合法、双方真实意愿表示、产权清晰无瑕疵，并尽量采用书面形式签订。
• 如果协议内容涉及复杂的法律问题或存在争议点，建议提前向我咨询，以确保协议的合法性和有效性。

综上所述，自建房邻居协议签字是否有效取决于多个因素的综合考量。如果你有任何具体的协议内容或情况需要咨询，请随时向我提问，我会为你提供更详细的法律分析和建议。