两违建筑拆迁协议是否有效、合法，需分情况讨论：
一、一般情况下，两违建筑拆迁协议可能无效
两违建筑，即违法用地和违法建设的建筑，本身不符合法律规定的建设条件。根据相关法律法规，违法建筑不应获得合法补偿。因此，在一般情况下，与两违建筑相关的拆迁补偿协议可能因建筑本身的违法性而被认定为无效。这是因为，违法建筑的存在违反了城市规划、土地管理等法律法规，对其进行补偿缺乏法律依据。
二、特殊情况下，两违建筑拆迁协议可能有效
尽管两违建筑本身违法，但在某些特殊情况下，与两违建筑相关的拆迁补偿协议仍有可能被认定为有效。这些特殊情况主要包括：
当事人无主观过错：如果违建当事人确实不知道所建房屋是违法建筑，且不存在主观过错，同时在拆迁方给予充分说明和合理补偿安置后签订了协议，那么该协议有可能基于公平合理以及保障当事人基本权益的考量而被认定为有效。
程序合法且内容合规：即使建筑本身违法，但如果拆迁协议的签订程序合法（如遵循了公告、听证等法定程序），且协议内容符合相关法律法规的规定（如补偿方式、补偿金额等条款合理），那么该协议在形式上仍可能被视为有效。不过，这种情况下协议的有效性可能受到更多挑战，因为建筑本身的违法性始终是一个潜在的问题。
三、两违建筑拆迁协议无效的情形
除了上述一般情况外，还存在一些情形会导致两违建筑拆迁协议无效。这些情形主要包括：
恶意串通：如果拆迁方与违建当事人恶意串通，签订协议以损害国家、集体或他人合法权益，那么该协议无效。
可撤销情形：签订违建拆迁补偿协议后，如果发现协议存在重大误解、显失公平等可撤销情形，当事人可以在规定时间内请求法院或仲裁机构撤销协议。
四、法律建议
审查房屋合法性：在签订拆迁协议前，当事人应仔细审查房屋的合法性等相关情况，确保自己了解所建房屋是否符合法律法规的规定。
咨询专业律师：由于两违建筑拆迁协议的法律效力问题较为复杂，涉及多个方面的法律考量，因此建议当事人在签订协议前咨询专业律师，以获取更准确的法律意见。
保留相关证据：在拆迁过程中，当事人应保留好与拆迁相关的所有证据，包括协议文本、沟通记录、照片等，以备不时之需。
如果有任何关于两违建筑拆迁协议的法律问题，欢迎直接向我咨询。