违建租房合作协议在大多数情况下是无效的，但也存在特定条件下可被认定为有效的例外情况。以下是对这一问题的详细分析：
一、违建租房合作协议无效的情形
违反法律法规：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条：“违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。”以及《最高人民法院关于审理城镇房屋租赁合同纠纷案件具体应用法律若干问题的解释》第二条：“出租人就未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定建设的房屋，与承租人订立的租赁合同无效。”违法建筑本身违反了城乡规划法等相关法律法规，其存在不具有合法性。因此，基于违法建筑签订的租房合作协议也必然违反法律规定，应认定为无效。
损害公共利益：
- 违法建筑可能侵占公共空间、影响城市规划实施或存在安全隐患等，损害了社会公共利益。租房合作协议若支持此类行为，将间接鼓励违法建设，不利于维护良好的社会秩序和公共安全。
无法履行法定程序：
- 合法建筑需经过规划审批、施工许可等法定程序，而违法建筑未经这些程序即投入使用。租房合作协议若以违法建筑为标的物，将无法履行正常的权属登记、消防验收等手续，导致合同目的无法实现。
二、违建租房合作协议可能有效的情形
- 在一审法庭辩论终结前取得相关证件：
- 如果出租人在一审法庭辩论终结前取得了建设工程规划许可证或者经主管部门批准建设，那么原本无效的租房合作协议将被法院认定为有效。这是因为此时违法建筑已经“转正”，具备了合法性基础。但需注意，即使合同被认定为有效，若租赁期间内该违建房被相关部门认定为违法并需要拆除，那么这份租房合作协议实际上也无法继续履行，因为房屋的使用权已经丧失。
三、合同无效后的处理与法律后果
房屋占有使用费：
- 虽然合同无效，但如果房屋已经交付承租人使用，承租人仍应参照合同约定的租金标准向出租人支付房屋占有使用费。
损失赔偿：
- 因合同无效给对方造成损失的，有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
承租人的风险：
- 承租违建房可能面临诸多风险和不确定性，如被相关部门处以罚款、要求恢复原状甚至强制拆除等，这些都会给承租人带来不必要的经济损失和麻烦。
四、建议与防范措施
- 在签订租房合作协议前，务必仔细审查房屋的合法性和相关证件的齐全性，确保所租房屋为合法建筑。
- 如果发现房屋存在违法建设的情况，建议不要轻易签订租房合作协议，以免陷入法律风险和经济纠纷。
- 对于已经签订了违建租房合作协议并遇到问题的承租人，应及时向我咨询，寻求法律帮助和解决方案。
综上所述，违建租房合作协议的有效性取决于房屋的具体情况和相关手续的办理情况。为避免潜在的法律风险和经济损失，建议出租人和承租人在签订租房合作协议前务必确认房屋的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。