关于您提到的“员工扣工资超过20%的赔偿怎么算”这一问题，首先需要明确的是，一般情况下，用人单位不能随意扣除员工工资超过20%作为赔偿。工资的扣除通常需要遵循法律法规的规定，并且要有合理的依据和程序。
不过，为了解答您关于工资扣除计算方法的疑问，我可以先按照一个假设性的场景来解释如果工资需要扣除20%（尽管这通常不是合法的赔偿方式），应该如何计算：
一、基本计算方法（假设性场景）
确定原始工资： 首先，需要明确员工的原始工资数额，即未扣税或任何其他扣款前的全额工资。
计算扣除金额： 如果假设需要扣除工资的20%，那么扣除金额的计算公式为： \(扣除金额 = 原始工资 \times 20\%\) 或者 \(扣除金额 = 原始工资 \times 0.2\)
计算实发工资： 从原始工资中减去扣除金额，即可得到员工实际到手的工资。公式为： \(实发工资 = 原始工资 - 扣除金额\) 或者简化为： \(实发工资 = 原始工资 \times (1 - 20\%)\) 或者 \(实发工资 = 原始工资 \times 0.8\)
二、实际应用中的注意事项
合法性：在实际操作中，用人单位不能随意扣除员工工资作为赔偿。工资的扣除必须遵循《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规的规定，并且通常需要有员工的同意或者符合法律规定的特定情形（如员工造成公司损失且需赔偿等）。
合理性：即使需要扣除工资作为赔偿，扣除的比例和金额也应当合理，不能过分高于员工造成的实际损失。
程序性：工资的扣除应当遵循一定的程序，如提前通知员工、与员工协商等，以确保程序的合法性和公正性。
三、建议
如果您作为员工遇到用人单位随意扣除工资的情况，或者对工资扣除有疑问，建议您：
与用人单位沟通：首先尝试与用人单位沟通，了解工资扣除的具体原因和依据。
咨询专业人士：如果沟通无果，或者您认为用人单位的行为违法，可以咨询劳动法律师或相关劳动部门，了解自己的权益和维权途径。
保留证据：在沟通过程中，注意保留相关证据，如工资条、扣除通知等，以便在需要时维护自己的权益。
总之，工资的扣除必须遵循法律法规的规定，并且要有合理的依据和程序。如果您对工资扣除有疑问或遇到问题，建议及时咨询专业人士或相关劳动部门。