核心结论：与用人单位签订劳动合同时仅签署一份且由公司保管，可能存在法律风险，但合同本身仍有效。需结合具体情况判断是否构成违法，并采取针对性措施维护权益。以下是具体分析：

一、合同签署份数的法律要求

根据《劳动合同法》第十六条，劳动合同需由用人单位与劳动者各执一份。若公司仅签署一份并自行保管，属于程序瑕疵，但不影响合同本身的法律效力。不过，这种操作可能损害劳动者对合同条款的知情权和留存证据的权利。

二、可能存在的法律风险

1. 公司单方修改合同
   若合同由公司保管，劳动者无法核对原件，公司可能擅自修改条款（如调整薪资、岗位等）。一旦发生纠纷，劳动者可能因无法提供原始合同而陷入被动。

2. 举证困难
   在劳动仲裁或诉讼中，劳动者需证明劳动关系及合同内容（如工资、工时等）。若手中无合同，可能需依赖工资条、考勤记录等间接证据，增加维权成本。

3. 违反法定程序
   根据《劳动合同法》第八十一条，用人单位未将劳动合同文本交付劳动者的，由劳动行政部门责令改正；给劳动者造成损害的，应承担赔偿责任。

三、应对措施

1. 主动索要合同副本
   向公司明确要求提供劳动合同复印件或扫描件，并留存沟通记录（如邮件、微信等）。若公司拒绝，可向当地劳动监察大队投诉。

2. 收集其他证据
   保存工资条、银行流水、考勤记录、工作证、同事证言等，证明劳动关系及合同实际履行情况。

3. 申请劳动仲裁
   若公司存在未签合同、克扣工资等违法行为，可依据《劳动合同法》第三十八条解除合同，并主张经济补偿金（工作满1年赔1个月工资）。

四、特殊情形处理

• 若公司未签合同：根据《劳动合同法》第八十二条，劳动者可主张自用工次月起至第12个月的双倍工资差额。
• 若合同被篡改：可通过司法鉴定确认合同真实性，或结合其他证据反驳公司主张。

建议：立即与公司沟通索要合同副本，并同步收集其他证据。若公司态度强硬，可携带现有材料向我咨询具体维权方案。