结论：协议合同中约定了一式几份但实际只签了一份的情况，可能会引发一系列法律问题和风险，具体取决于合同的性质、双方当事人的意图以及后续行为等因素。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合同效力的角度
合同形式要件：
- 合同的形式要件通常包括书面形式、口头形式或其他形式。对于书面合同，一般要求双方各执一份或多份，以作为合同成立的证据。若合同中明确约定了一式几份，但实际只签了一份，这可能不符合合同形式要件的要求。
- 然而，合同的形式要件并非决定合同效力的唯一因素。如果双方当事人已经实际履行了合同的主要义务，且对方接受的，即使合同形式上存在瑕疵，也不影响合同的效力。
合同内容与实际履行：
- 如果合同内容明确，且双方当事人已经按照合同内容实际履行了各自的主要义务，那么即使合同只签了一份，也不太可能影响合同的效力。因为合同的本质是双方当事人的意思表示一致，而实际履行行为可以视为对合同内容的确认和接受。
二、法律风险的角度
证据风险：
- 如果合同只签了一份，且由一方当事人保管，那么在发生纠纷时，另一方当事人可能面临举证困难的风险。因为合同是证明双方权利义务关系的重要证据，如果无法提供合同原件或复印件，可能会影响其主张权利的效果。
合同变更与解除的风险：
- 如果合同只签了一份，且双方当事人对合同内容存在争议或需要变更、解除合同时，可能会因为缺乏书面证据而难以达成一致意见。这可能导致纠纷的升级和扩大化，增加解决纠纷的成本和时间。
三、建议与措施
补签合同：
- 如果发现合同只签了一份，且双方当事人仍然愿意继续履行合同的，建议尽快补签合同，并确保双方各执一份或多份。这样可以避免后续可能出现的证据风险和合同变更与解除的风险。
保留证据：
- 如果无法补签合同或双方当事人对合同内容存在争议的，建议保留好与合同履行相关的所有证据，如交易记录、通信记录、付款凭证等。这些证据可以在发生纠纷时作为证明双方权利义务关系的重要依据。
寻求法律帮助：
- 如果遇到复杂的合同纠纷或无法自行解决的问题，建议及时寻求专业的法律帮助。作为专业律师，我可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案，帮助您维护自己的合法权益。
总结：协议合同中约定了一式几份但实际只签了一份的情况可能会引发一系列法律问题和风险。为了降低这些风险，建议双方当事人尽快补签合同、保留好相关证据，并在必要时寻求专业的法律帮助。如果您有任何关于合同纠纷的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。