合同上注明一式三份，签名盖章后生效，却只签了一份，该合同并不因此必然无效，但可能存在效力瑕疵或履行上的问题，具体需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
合同生效要件的角度
形式要件：
- 合同注明“一式三份”，这通常是对合同形式的一种要求，旨在确保各方当事人都能持有合同的副本，便于查阅和履行。然而，形式要件并非合同生效的绝对必要条件，除非法律、行政法规明确规定或者当事人明确约定合同必须采用特定形式才能生效。
- 在此情况下，即使只签了一份合同，只要该合同内容合法、双方意思表示真实，且不存在其他导致合同无效的情形（如欺诈、胁迫、恶意串通等），该合同在已签署的当事人之间仍然可能具有法律效力。
实质要件：
- 合同的实质要件包括当事人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、合同内容不违反法律或行政法规的强制性规定等。
- 如果只签了一份合同，但已签署的当事人均具备相应的民事行为能力，且意思表示真实，合同内容也合法，那么该合同在已签署的当事人之间是有效的。
合同履行与证据的角度
履行问题：
- 合同注明“一式三份”，但实际只签了一份，可能在合同履行过程中引发争议。例如，未签署合同的当事人可能主张自己未参与合同订立，从而拒绝履行合同义务。
- 在此情况下，已签署合同的当事人需要提供其他证据（如邮件、短信、录音等）来证明未签署合同的当事人确实参与了合同订立过程，或者证明未签署合同的当事人已经实际履行了合同义务。
证据效力：
- 如果只有一份签署的合同，且没有其他证据支持，那么在发生争议时，已签署合同的当事人可能面临举证困难的问题。
- 为了避免这种情况，建议当事人在合同订立时严格按照约定签署多份合同，并各自保留一份作为证据。
法律建议
补签合同：
- 如果可能，建议当事人尽快补签剩余的合同副本，以确保各方都能持有合同的完整副本。
- 补签合同时，应确保所有当事人的意思表示真实，且合同内容与之前签署的合同一致。
完善证据：
- 如果无法补签合同，建议当事人收集其他证据来证明合同的存在和内容，如邮件、短信、录音、证人证言等。
- 这些证据可以在发生争议时作为支持自己主张的依据。
咨询专业律师：
- 如果对合同的效力或履行存在疑问，建议当事人及时咨询专业律师，以便获得更具体的法律建议和指导。
总结来看，合同上注明“一式三份”，签名盖章后生效，却只签了一份，并不直接导致合同无效。但为了避免潜在的争议和履行问题，建议当事人尽快补签剩余的合同副本或完善相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。