劳动合同一式三份但只签了两份，合同在大多数情况下是能生效的。以下从不同角度为您详细分析：
合同生效的基本条件
根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，除非法律另有规定或者当事人另有约定。这意味着，只要合同是双方真实意思的表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么合同就是有效的。在您所描述的情况下，虽然劳动合同一式三份但只签了两份，但只要这两份合同的内容一致，且双方已经实际履行了合同中的主要义务，那么合同就是生效的。
合同份数对合同效力的影响
一般情况：合同的份数并不直接影响合同的效力。书面形式是合同的一种常见形式，两份书面合同完全能够证明合同的存在以及各方所应承担的权利和义务。因此，在大多数情况下，即使劳动合同一式三份但只签了两份，合同仍然是有效的。
特殊情况：如果合同中明确规定必须要有三份及以上的书面合同，或者根据日常的交易习惯需要三份及以上书面合同，那么仅有的两份书面合同可能会引发一些问题。但这并不意味着合同就一定无效，我们还可以通过其他的证据来进一步佐证合同的真实性和有效性，比如双方的实际履行情况、聊天记录、邮件往来等。
合同条款冲突的处理
如果两份合同中存在相互冲突的条款，那么当事人必须就此做出合理且恰当的解释和说明。在大多数情况下，我们将会认定形成于后的那份协议是对先前所达成协议内容的修正、补充或者增补。因此，在处理合同纠纷时，我们需要仔细审查合同的具体内容，以及双方的实际履行情况，以确定哪份合同条款应当被优先适用。
法律建议
完善合同手续：为了避免因合同份数等问题而引发不必要的纠纷和麻烦，建议双方在签订劳动合同时，尽量按照合同约定的份数进行签署，并确保每份合同的内容一致。
保留相关证据：除了书面合同外，双方还应当保留与合同履行相关的其他证据，如工资单、工作证、考勤记录等，以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。
及时咨询律师：如果您在劳动合同的签订或履行过程中遇到任何问题，或者对合同的效力存在疑虑，建议及时咨询专业律师，以便得到更具体、更专业的法律建议。