结论：若劳动合同中明确写明工资由基本工资和基本工资外奖励组成，但用人单位只发放基本工资，这种做法通常是不合法的，除非用人单位能证明存在合法理由未发放奖励部分。
合法性分析
合同约定优先：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。一旦劳动合同中明确约定了工资构成，包括基本工资和基本工资外奖励，那么用人单位就应当按照合同约定履行支付义务。
- 如果用人单位只发放基本工资而未发放奖励部分，且没有合法理由，那么这种做法就违反了劳动合同的约定，劳动者有权要求用人单位按照合同约定支付全额工资。
奖励发放的合法性条件：
- 奖励部分通常与劳动者的工作表现、业绩或用人单位的经营状况等因素相关。如果用人单位能够证明由于某种合法原因（如劳动者未达到奖励发放条件、用人单位经营困难等）而未发放奖励部分，那么这种做法可能是合法的。
- 然而，用人单位需要承担举证责任，证明未发放奖励部分的合法性和合理性。如果用人单位无法提供充分证据，那么劳动者有权要求用人单位支付奖励部分。
存在的问题及风险
劳动者权益受损：
- 如果用人单位只发放基本工资而未发放奖励部分，劳动者的实际收入将受到影响，可能导致生活困难或无法满足基本生活需求。
- 长期来看，这种做法可能损害劳动者的积极性和工作动力，对用人单位的长期发展也不利。
法律纠纷风险：
- 如果劳动者对用人单位的工资发放行为提出异议，并寻求法律途径解决，用人单位可能面临法律纠纷和赔偿责任。
- 法律纠纷不仅会影响用人单位的声誉和形象，还可能对用人单位的经营状况产生负面影响。
建议与对策
与用人单位沟通协商：
- 劳动者可以首先与用人单位进行沟通协商，了解未发放奖励部分的原因和依据。
- 如果用人单位能够提供合法理由和充分证据，劳动者可以理解并接受；如果用人单位无法提供充分证据或理由不充分，劳动者可以要求用人单位按照合同约定支付全额工资。
寻求法律援助或提起劳动仲裁：
- 如果沟通协商无果，劳动者可以寻求法律援助或向劳动仲裁机构提起劳动仲裁，要求用人单位支付未发放的奖励部分。
- 在提起劳动仲裁前，劳动者需要收集相关证据，如劳动合同、工资条、工作表现证明等，以支持自己的主张。
加强合同管理和风险防范：
- 用人单位在制定劳动合同时，应当明确工资构成和发放条件，避免模糊和歧义。
- 同时，用人单位应当加强内部管理，确保工资发放的合法性和合理性，避免引发法律纠纷和赔偿责任。
示例说明：假设劳动者与用人单位签订的劳动合同中明确约定工资由基本工资5000元和绩效奖金2000元组成。然而，在实际发放过程中，用人单位只发放了基本工资5000元而未发放绩效奖金2000元。在这种情况下，劳动者有权要求用人单位按照合同约定支付全额工资7000元。如果用人单位无法提供合法理由和充分证据证明未发放绩效奖金的合法性，那么劳动者可以通过法律途径维护自己的合法权益。
后续思考依据：在处理类似案件时，我会进一步审查劳动合同的具体条款、用人单位的工资发放记录以及劳动者的实际工作表现等证据材料，以全面评估用人单位的工资发放行为是否合法合规。同时，我也会关注相关法律法规的更新和变化，以确保我的法律建议和判断始终符合最新的法律要求。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。