结论：员工因违规操作发生工伤，公司一般不可以直接扣钱，但在特定情况下，公司可能依据规章制度对员工进行一定的经济处罚，不过这种处罚不能影响员工应得的工伤赔偿。以下从不同角度为你详细分析：

法律对工伤赔偿的基本规定

根据《工伤保险条例》等相关法律法规，员工发生工伤后，有权享受相应的工伤保险待遇，包括医疗费用、停工留薪期工资、一次性伤残补助金等。这些待遇是基于员工因工作遭受事故伤害或患职业病这一事实而给予的，与员工是否存在违规操作并无直接关联。也就是说，只要被认定为工伤，员工就应当获得相应的赔偿，公司不能以员工违规操作为由拒绝支付工伤赔偿。

举例：小李在工厂工作时，因未按照操作规程使用机器导致手指受伤，被认定为工伤。尽管小李存在违规操作的行为，但工厂仍需按照规定为其支付医疗费用、停工留薪期工资等工伤赔偿。

公司规章制度与经济处罚

虽然公司不能因员工违规操作发生工伤而直接扣钱，但如果公司的规章制度中明确规定了员工违规操作应承担的经济责任，且该规章制度经过了民主程序制定、公示，并告知了员工，那么在员工违规操作给公司造成实际损失的情况下，公司可以依据规章制度对员工进行一定的经济处罚。不过，这种处罚的金额应当合理，且不能影响员工应得的工伤赔偿。

法律依据：《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

举例：小张在运输公司工作，因违规驾驶导致车辆损坏，给公司造成了5000元的经济损失。公司规章制度中明确规定，因员工违规操作给公司造成损失的，应承担相应的赔偿责任。在这种情况下，公司可以依据规章制度要求小张赔偿损失，但每月扣除的金额不得超过小张当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。同时，如果小张在此次事故中受伤并被认定为工伤，公司仍需按照规定为其支付工伤赔偿。

公司的管理责任与员工权益保障

公司作为用人单位，有责任为员工提供安全的工作环境和必要的培训，确保员工能够正确、安全地操作设备。如果员工因公司未提供足够的安全保障或培训而发生违规操作导致工伤，公司不仅不能对员工进行经济处罚，还可能需要承担相应的管理责任。

建议：对于公司而言，应当加强安全管理，完善规章制度，加强对员工的安全教育和培训，预防工伤事故的发生。对于员工而言，应当严格遵守公司的规章制度和操作规程，避免因违规操作给自己和公司带来不必要的损失。如果发生工伤事故，员工应及时向公司报告，并按照规定申请工伤认定和享受工伤保险待遇。

总结：员工因违规操作发生工伤，公司不能直接扣钱拒绝支付工伤赔偿，但在符合一定条件的情况下，公司可以依据规章制度对员工进行合理的经济处罚。如果你在工伤赔偿方面还有其他问题，可以直接向我咨询。