员工发生工伤，单位不可以扣除工资。以下从不同角度为你详细分析：

法律层面

根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这意味着，在停工留薪期内，单位不仅不能扣除员工的工资，还需要按照员工原来的工资福利待遇标准进行支付。

举个例子，如果员工原本每月工资是5000元，在停工留薪期内，单位仍然需要每月支付5000元给员工，不能因为员工受伤无法工作就降低或者扣除工资。

特殊情况说明

如果员工的工伤情况较为严重，经过劳动能力鉴定委员会确认，需要延长停工留薪期的，那么在延长的期限内，单位同样需要按照原工资福利待遇标准支付工资，不能扣除。

另外，如果员工在工伤治疗期间，存在违反单位规章制度等特殊情况，单位想要对员工进行处理，也需要遵循合法合理的程序，不能直接扣除工资。例如，如果员工无故旷工，单位可以依据规章制度进行相应的处理，但这种处理需要符合法律法规的规定，不能随意扣除工资。

法律后果

如果单位在员工工伤期间扣除工资，员工有权向劳动监察部门投诉，劳动监察部门会依法对单位进行查处，要求单位补发工资，并可能对单位进行罚款等处罚。同时，员工也可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求单位支付被扣除的工资以及相应的经济补偿。

建议：如果遇到单位在工伤期间扣除工资的情况，员工可以先与单位进行协商，要求单位按照法律规定支付工资。如果协商不成，可以向当地的劳动监察部门投诉或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动工伤方面的问题，可以直接向我咨询。