在劳动合同中单独约定加班费是合法且有益的，但约定的标准不得低于法定最低要求。以下是对这一问题的详细分析：
一、合法性分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，劳动合同中应当包含劳动报酬的条款，且并未禁止用人单位与劳动者就加班费的计算标准、支付方式等作出具体约定。只要这些约定不违反法律法规的强制性规定，即为有效。
加班费计算标准：
- 安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的150%的工资报酬。
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的200%的工资报酬。
- 法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的300%的工资报酬。
劳动合同中的加班费约定如低于上述法定标准，则该部分约定无效。例如，若劳动合同约定休息日加班仅支付150%的工资，这违反了法律规定的200%标准，因此该约定无效。
二、明确约定的优势
对劳动者而言：
- 明确的加班费约定能让劳动者清楚知晓加班后能获得的报酬计算方式，从而更有效地保障自身权益。这有助于避免日后因加班费问题而与用人单位产生争议。
对用人单位而言：
- 清晰的加班费约定也有助于规范单位的劳动报酬管理，减少潜在的劳动纠纷，提升企业管理效率。
三、约定需合理合法
虽然可以在劳动合同中约定加班费，但这一约定必须合理且合法。具体来说，约定的加班费标准不得低于法定的最低工资报酬标准。若劳动合同中约定的加班费标准低于法定标准，则该约定将被视为无效，实际执行时应以法定标准为准。
四、特殊情况下的处理
劳动合同无效或部分无效：
- 若劳动合同因某些内容（如工作内容）存在欺诈或违法情况而被认定部分无效，但加班费条款是双方真实意思表示且不违反法律法规，那么该加班费条款仍然有效。
- 若劳动合同整体无效，但劳动者已经按照用人单位的要求实际付出了劳动并加班，用人单位仍需向劳动者支付劳动报酬，包括加班费。劳动报酬的数额，应参照本单位相同或者相近岗位劳动者的劳动报酬确定；若无法确定具体数额，则可按照当地最低工资标准或同行业、同岗位的工资水平以及法定的加班费计算标准来确定。
用人单位拒不支付加班费：
- 若用人单位拒绝按照约定或法定标准支付加班费，劳动者可以通过向劳动行政部门投诉举报、申请劳动仲裁或提起诉讼等法律途径来维护自身合法权益。
五、建议与总结
- 对劳动者的建议：在签订劳动合同时，应仔细阅读加班费条款，确保其符合法律法规的要求。若发现约定低于法定标准，应及时与用人单位协商修改。同时，保留好加班证据，如考勤记录、工作日志等，以证明自己的加班事实。
- 对用人单位的建议：在制定劳动合同模板时，应确保加班费条款的合法性与合理性。同时，建立健全的加班管理制度，合理安排员工的工作时间，避免不必要的加班，并依法支付加班费。
综上所述，劳动合同中单独约定加班费是合法且有益的，但务必确保约定的标准不低于法定最低要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。