结论：老旧公司同时运营，在新公司上班但工资仍按老公司发放是否合法，这取决于新公司与老公司之间的关系以及工资发放的具体安排，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、新公司与老公司为关联企业或同一实际控制人控制

1. 若工资发放符合内部规定且员工知情同意：

   • 如果新公司与老公司是关联企业，或者由同一实际控制人控制，且这种工资发放方式（即在新公司工作，但工资由老公司发放）是公司内部的规定，且员工在入职时或工作过程中已经明确知晓并同意这一安排，那么这种工资发放方式在法律上可能是被接受的。但前提是，这种安排必须确保员工的工资水平不低于当地最低工资标准，且按时足额支付。

2. 若工资发放存在违法情形：

   • 即便新公司与老公司是关联企业，如果工资发放存在拖欠、克扣或低于最低工资标准等违法情形，那么这种工资发放方式就是不合法的。员工有权要求公司按照法律规定支付工资，并可以依法维护自己的合法权益。

二、新公司与老公司为独立法人实体

1. 若存在合法劳务派遣或借调关系：

   • 如果新公司与老公司之间存在合法的劳务派遣或借调关系，且这种关系已经得到了相关部门的批准或备案，同时工资发放也符合双方之间的协议和法律规定，那么在新公司上班但工资由老公司发放可能是合法的。但这种情况下，通常会有明确的协议规定工资支付的责任方和方式。

2. 若无合法劳务派遣或借调关系：

   • 如果新公司与老公司之间不存在合法的劳务派遣或借调关系，且员工实际上是在为新公司工作，那么工资应该由新公司支付。如果工资仍然由老公司发放，且没有合理的解释和法律依据，那么这种工资发放方式可能是不合法的。员工有权要求新公司支付工资，并可以依法追究新公司的法律责任。

三、法律建议与风险提示

1. 核实公司关系与工资发放安排：

   • 员工在入职前或工作过程中，应核实新公司与老公司之间的关系以及工资发放的具体安排。如果存在疑问或不明确的地方，应及时向公司人力资源部门或相关负责人咨询并要求书面确认。

2. 保留相关证据：

   • 员工应保留与工资发放相关的所有证据，如工资条、银行转账记录、劳动合同等。这些证据在后续可能发生的劳动纠纷中将成为重要的维权依据。

3. 依法维护权益：

   • 如果员工发现工资发放存在违法情形或公司拒绝支付工资，应及时向当地劳动监察部门投诉或依法申请劳动仲裁、提起诉讼等，以维护自己的合法权益。

总结：老旧公司同时运营时，在新公司上班但工资仍按老公司发放是否合法，取决于新公司与老公司之间的关系以及工资发放的具体安排。员工应核实公司关系与工资发放安排，保留相关证据，并在必要时依法维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。