在关联企业混同用工的情况下，原公司发放自身工资而新公司不发工资，这种做法一般是不合法的。以下从几个角度进行详细分析：
一、法律关系与责任承担
在关联企业混同用工的场景中，虽然劳动者可能与多家关联企业存在用工关系，但根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关司法解释，劳动者与用人单位之间的劳动关系是明确的，且用人单位有义务按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果新公司作为实际用工单位之一，未向劳动者支付工资，则违反了这一规定。
二、混同用工的认定与责任
混同用工的认定：混同用工通常指的是多家关联企业之间在用工管理上存在交叉、重叠，导致劳动者的劳动关系难以明确区分。在这种情况下，法院或劳动仲裁机构可能会根据实际情况，认定劳动者与多家关联企业均存在劳动关系，或者根据主要用工关系、工资支付记录等因素，确定主要的用人单位。
责任承担：一旦混同用工被认定，多家关联企业可能需要承担连带责任。这意味着，如果新公司未支付工资，劳动者不仅可以向新公司主张权利，还可以向原公司或其他关联企业主张权利。原公司作为已经支付了部分工资的单位，虽然已经履行了部分义务，但如果新公司未支付的工资部分属于劳动者应得的劳动报酬，原公司也可能因混同用工而承担一定的连带责任（具体需根据实际情况和法院判决来确定）。不过，更常见的是，劳动者会选择向未支付工资的新公司直接主张权利，或者同时向多家关联企业主张权利。
三、实际操作与建议
收集证据：劳动者在遇到这种情况时，应首先收集与两家公司都存在劳动关系的证据，如工作证、工资条、考勤记录、工作邮件等，以证明自己与两家公司都存在用工关系。
协商与投诉：尝试与两家公司进行协商，要求新公司支付拖欠的工资。如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁。
法律途径：如果劳动仲裁结果不满意，劳动者还可以向法院提起诉讼，要求新公司支付工资，并可以根据实际情况，要求原公司或其他关联企业承担连带责任。
四、可能的法律后果
如果新公司被认定存在未支付工资的行为，除了需要向劳动者支付拖欠的工资外，还可能需要支付经济补偿金、赔偿金等，并可能面临劳动行政部门的处罚。
总结与建议：在关联企业混同用工的情况下，新公司不发工资是不合法的。劳动者应积极收集证据，通过协商、投诉或法律途径来维护自己的合法权益。如果遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。